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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000784

染色体: Chr02 坐标: 12884119-12885638 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000784
名称SmilChr02G000784
描述uncharacterized SmilChr02G000784
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12884119 - 12885638 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011258
GeneID131011258
locus_tag-
NCBI NameLOC131011258
原始查询LOC131011258

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011258

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795026.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057795026.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795026.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795026.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795026.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12884240 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B54,B68,C18,D2
Chr2:12884268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr2:12884295 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B133,B60,C67
Chr2:12884357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C54,D10
Chr2:12884368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B34,C51,C74
Chr2:12884879 TAC T 2bp_deletion frameshift_variant 16 A14,A9,B3,B30,B31,B50,B58,B7,C10,C37,C40,C64,C66,C76,C86,D1
Chr2:12884892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C71,D9
Chr2:12884901 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B85,B9,C33,C85,D2
Chr2:12884940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B9,C44
Chr2:12884950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C82,C86
Chr2:12885091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,A20,C81,D10,D5
Chr2:12885126 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B69,C1,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939043.1
ACACAAACCCTATTCCCCTTATCTCTCCTGCGCCCCTCCCATCTTCTCCCTCCTCTCCCTTTTCTTTCTATCATCACTTTCTCTCTTCTCACACCCAACGCACACACCCAGATCCGCACTCAAATCAGCGGCCGCTCGTCCTTCCCGGCAAAGCAACGGCGATAAGCCGCTGACACGCCCGGCTCTCCCTTCTCTCTCTCGGCGGCATCACCGCCTCATCTCCTTTACCCCTCTGACTTAGATCGGCGACGGTGAGAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011258
ATGACAGCAGCCTTCCTCCGGCCGCCGCCACCGCTCGTTCTCCCCTTCAAATCTTCAACCGACAGCAGCAGAGTCGCGGCCGCCGCCGTCCGTCTGCCTTGGTACAGCCTCATCGGCGATGCTGTCACTCAAGGGAAAGAGAGCAGCACAGATCTGGTGGCCTTGGGGTGGTTGAAGTGGAGGAAGCCGCGCGGAGAGGTGGAGGTGCCGAGGTACTGCGATAAGGCGCCGAAGATTGTGTGGTGTGTGTGTAAAATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795026.1
MTAAFLRPPPPLVLPFKSSTDSSRVAAAAVRLPWYSLIGDAVTQGKESSTDLVALGWLKWRKPRGEVEVPRYCDKAPKIVWCVCKIMIENHRGSAAAIIAEPDPDSQNTNLSPKVKVSRFKCWMKFVMLNEICLNVILD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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