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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000789

染色体: Chr02 坐标: 12985385-12986180 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000789
名称SmilChr02G000789
描述uncharacterized SmilChr02G000789
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向12985385 - 12986180 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011263
GeneID131011263
locus_tag-
NCBI NameLOC131011263
原始查询LOC131011263

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795033.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795033.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057795033.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795033.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795033.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:12985892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B104,C77,D10
Chr2:12985898 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr2:12985904 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D11
Chr2:12985920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:12985945 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B22,B69,C11,C69
Chr2:12985970 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 25 B126,B129,B131,B2,B20,B21,B30,B44,B53,B57,B63,B9,B94,C21,C35,C37,C38,C51,C56,C65,C67,C7,C73,C8,D3
Chr2:12985982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B37,B76,C45,C7
Chr2:12985983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:12985994 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C8
Chr2:12985998 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:12986008 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,B78,C30,C40
Chr2:12986021 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A10,B110,B29,B31,B77,C29,C6,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939050.1
CCCTACGCATCCCAGAAATGTTGACTCCTCATCTATAGTGCAGCGGCGACTCAAATCGTGTGATTTTGGACGGCGACCTCTTCATTCTATAATCCGGCGATGTCGTCGCTCTGGCAGACTCCGGCACCTCTTTGCACTTTCGCCAACCGCCGCCGTGGTCGAAGATCGGTAACTGGTCGTCGCGCACATCTGAAGGCGCTGCTGCGTGTCCAGATTTCATTCACTCGTCTGTACGGCCTCTGCCTTAAAACGCCGCCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011263
ATGTCGTCGCTCTGGCAGACTCCGGCACCTCTTTGCACTTTCGCCAACCGCCGCCGTGGTCGAAGATCGGTAACTGGTCGTCGCGCACATCTGAAGGCGCTGCTGCGTGTCCAGATTTCATTCACTCGTCTGTACGGCCTCTGCCTTAAAACGCCGCCGCCGTCGGGATTGCAGGCTGTCACCGAAGCCGGATTCTGTCCACGATTTTCGTCGATGTTGGGTCATGAAATCGGCGAGGTTCGCTGTTCGCCTTCTGATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795033.1
MSSLWQTPAPLCTFANRRRGRRSVTGRRAHLKALLRVQISFTRLYGLCLKTPPPSGLQAVTEAGFCPRFSSMLGHEIGEVRCSPSDSTVCTLKRMLKKVGAFAKDPILDMLIQYAVFLSSMLVLELCYANTKYWIYIIFVFYSEN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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