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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000884

染色体: Chr02 坐标: 15240996-15244864 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000884
名称SmilChr02G000884
描述uncharacterized SmilChr02G000884
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15240996 - 15244864 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011334
GeneID131011334
locus_tag-
NCBI NameLOC131011334
原始查询LOC131011334

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]; symbol=MUG3; hit=AT1G06740; species=arabidopsis; confidence=weak
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]; symbol=MUG3; hit=AT1G06740; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=29.9; qcov=0.29; evalue=2.81e-07; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=26.8; qcov=0.29; evalue=1.96e-06; confidence=weak
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE); PF26130 (PB1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011334

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795099.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057795097.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795097.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795099.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795099.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15242168 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 25 A15,A6,B105,B114,B135,B47,B56,B63,B64,B66,B8,B83,B96,C12,C21,C4,C40,C46,C47,C52,C57,C84,C86,D1,D9
Chr2:15242183 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:15242189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B111,B117,C23,C36
Chr2:15242198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B86,D8
Chr2:15242214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:15242246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr2:15242429 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 17 A18,A22,B100,B12,B2,B37,B56,B6,B64,B96,C27,C32,C43,C63,C68,C74,C83
Chr2:15242461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B63,B83,C27,D4
Chr2:15242463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B63,B83,C18
Chr2:15242465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A23,B70,B98
Chr2:15242507 ATC A 2bp_deletion frameshift_variant 3 A15,B38,B39
Chr2:15242507 ATC A 2bp_deletion CDS_variant 3 A15,B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795097.1
342 aa
N
1
171
342
MULE
SWIM
C
PF10551 MULE 18-112 aa PF04434 SWIM 265-294 aa
XP_057795098.1
342 aa
N
1
171
342
MULE
SWIM
C
PF10551 MULE 18-112 aa PF04434 SWIM 265-294 aa
XP_057795099.1
334 aa
N
1
167
334
PB1-like
DBD_Tnp_Mut
C
PF26130 PB1-like 5-100 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 236-299 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795097.1 Pfam PF10551 MULE Domain 18 112 1.4e-15 58.1 MULE transposase domain
XP_057795097.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 265 294 6.5e-10 39.0 SWIM zinc finger
XP_057795098.1 Pfam PF10551 MULE Domain 18 112 1.4e-15 58.1 MULE transposase domain
XP_057795098.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 265 294 6.5e-10 39.0 SWIM zinc finger
XP_057795099.1 Pfam PF26130 PB1-like Domain 5 100 6.1e-16 59.2 PB1-like domain
XP_057795099.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 236 299 1.6e-06 28.4 MuDR family transposase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939114.1
TTACATTTACTTTTTCAAATTTTTCTTCGAATATTGGCAGTGAAATCTTCGATCTTTGTGGGAGATTCCAACGAAGGCATAATTTTTGTCCTATTGTTGTTAAGTGCAGCAATTTCTCGACAGAGAGCGTCGAGCAACGTGAAGGTGGTCCTGCTGGTCCCCTTTGGCATCGCAAATTGCAGAAAAAATGGAAATCAATGACAATTTTGCTATCTGTTTTGGTTATTGTGGCAAATTCTTTAGAAAAGATGATCGTATGG...
XM_057939116.1
TTACATTTACTTTTTCAAATTTTTCTTCGAATATTGGCAGTGAAATCTTCGATCTTTGTGGGAGATTCCAACGAAGGCATAATTTTTGTCCTATTGTTGTTAAGTGCAGCAATTTCTCGACAGAGAGCGTCGAGCAACGTGAAGGTGGTCCTGCTGGTCCCCTTTGGCATCGCAAATTGCAGAAAAAATGGAAATCAATGACAATTTTGCTATCTGTTTTGGTTATTGTGGCAAATTCTTTAGAAAAGATGATCGTATGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011334
ATGGGGTTGAGTGCACTGAGGAAAGGGTTCAAAGCTAGTTGTAGGCCTTTAATTGGCCTTGATGGATGTTTCCTGAAAACATATTTGGGGGGAATATTATTGTGCGCCATTGGGAAAGATGGCAACAATGGGATGTTTCCAATTTCTTGGGCTATAGTAGAGATAGAAAACGAAGATTGTTGGACATGGTTTTTGAAATGTCTTCTGGAAGATCTACAGATTGTAGATGGAAATGGCTGGACTTTCATCTCTGACCAACA...
LOC131011334
ATGGGGTTGAGTGCACTGAGGAAAGGGTTCAAAGCTAGTTGTAGGCCTTTAATTGGCCTTGATGGATGTTTCCTGAAAACATATTTGGGGGGAATATTATTGTGCGCCATTGGGAAAGATGGCAACAATGGGATGTTTCCAATTTCTTGGGCTATAGTAGAGATAGAAAACGAAGATTGTTGGACATGGTTTTTGAAATGTCTTCTGGAAGATCTACAGATTGTAGATGGAAATGGCTGGACTTTCATCTCTGACCAACA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795097.1
MGLSALRKGFKASCRPLIGLDGCFLKTYLGGILLCAIGKDGNNGMFPISWAIVEIENEDCWTWFLKCLLEDLQIVDGNGWTFISDQQKGLQNAVANLAPRAEHRNCARHVYMSWKKQHKCITLKNMFWRAVKCTYIEDFKMAIQAMKVENAAACEDFIARDVNKFCKAFLSTFACSDMVDNNINETFNGYILNARGKHVIHMCEEIRTSLMVRQVQKFKQMSSVTERLCPNIRLILERLKIESVSCIAHPALGNKFEVHD...
XP_057795098.1
MGLSALRKGFKASCRPLIGLDGCFLKTYLGGILLCAIGKDGNNGMFPISWAIVEIENEDCWTWFLKCLLEDLQIVDGNGWTFISDQQKGLQNAVANLAPRAEHRNCARHVYMSWKKQHKCITLKNMFWRAVKCTYIEDFKMAIQAMKVENAAACEDFIARDVNKFCKAFLSTFACSDMVDNNINETFNGYILNARGKHVIHMCEEIRTSLMVRQVQKFKQMSSVTERLCPNIRLILERLKIESVSCIAHPALGNKFEVHD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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