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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000888

染色体: Chr02 坐标: 15289653-15293338 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000888
名称SmilChr02G000888
描述serine/threonine-protein kinase RHS3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15289653 - 15293338 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011335
GeneID131011335
locus_tag-
NCBI NameLOC131011335
原始查询LOC131011335

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase RHS3-like
产物serine/threonine-protein kinase RHS3-like
ArabidopsisAT3G12690 (AGC1.5)
AGC kinase 1.5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820450]
identity=74.7; qcov=0.837; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0233800
-
identity=66.7; qcov=0.904; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795100.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057795100.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057795100.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795100.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795100.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15290001 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr2:15290106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C5
Chr2:15290110 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:15290157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr2:15290163 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B105,B66,C12,C86
Chr2:15290256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:15290268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:15290325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D8
Chr2:15290562 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr2:15291595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B15,B53,C45
Chr2:15291664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:15291751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B15,B23,B83,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795100.1
534 aa
N
1
267
534
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 144-295 aa PF00069 Pkinase 144-297 aa PF00069 Pkinase 346-472 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 373-460 aa
XP_057795101.1
534 aa
N
1
267
534
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 144-295 aa PF00069 Pkinase 144-297 aa PF00069 Pkinase 346-472 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 373-460 aa
XP_057795102.1
534 aa
N
1
267
534
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 144-295 aa PF00069 Pkinase 144-297 aa PF00069 Pkinase 346-472 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 373-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795100.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 144 295 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795100.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 297 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795100.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 346 472 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795100.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 373 460 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795101.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 144 295 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795101.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 297 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795101.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 346 472 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795101.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 373 460 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795102.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 144 295 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057795102.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 144 297 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795102.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 346 472 5.2e-63 213.6 Protein kinase domain
XP_057795102.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 373 460 9.4e-29 101.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939117.1
GGACTTCCACATTTACCTCGCTTCCCGCAATTTTCTCTCGTCACTAATCTAGCAACAACCTTAACAAGTTAAGTCAAATACCAACAAACATCTTCTCACGTAGAGACGCATCAATGGATTCTTTTATTTCCTGACGATATTATATTCTTCTTCCTTAATTAAACCAACACCCTCTCCAAATGGGCAATGGCCGCAGCTCATGATCATTCATGTTAATCATTTTGCGCCTAACATCTCAAGATGAACGAGACGACAAGAGG...
XM_057939118.1
GGACTTCCACATTTACCTCGCTTCCCGCAATTTTCTCTCGTCACTAATCTAGCAACAACCTTAACAAGTTAAGTCAAATACCAACAAACATCTTCTCACGTAGAGACGCATCAATGGATTCTTTTATTTCCTGACGATATTATATTCTTCTTCCTTAATTAAACCAACACCCTCTCCAAATGGGCAATGGCCGCAGCTCATGATCATTCATGTTAATCATTTTGCGCCTAACATCTCAAGTTGTAAATGTAGATGAACGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011335
ATGAACGAGACGACAAGAGGAGATCATGTGTGTGATACGGGCAAGATGGAGGCAGCTGAGAAACATTCACACGAGGTGAAGAGATCAGTCGAAGCAGCGGTGGCGAAGGGAAGTGCAAATCCCTCTGTATCATGTGATCCTCTATCCGTAAATCCTCATTCATTCCCATGCCCATTACCAACTTCCAGAAACGGATCCCATCCAAACGTAACGTCCCCCTGCAGCACGAAGACGAGCAATGCCGCCAAGACTAGTCAATC...
LOC131011335
ATGAACGAGACGACAAGAGGAGATCATGTGTGTGATACGGGCAAGATGGAGGCAGCTGAGAAACATTCACACGAGGTGAAGAGATCAGTCGAAGCAGCGGTGGCGAAGGGAAGTGCAAATCCCTCTGTATCATGTGATCCTCTATCCGTAAATCCTCATTCATTCCCATGCCCATTACCAACTTCCAGAAACGGATCCCATCCAAACGTAACGTCCCCCTGCAGCACGAAGACGAGCAATGCCGCCAAGACTAGTCAATC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795100.1
MNETTRGDHVCDTGKMEAAEKHSHEVKRSVEAAVAKGSANPSVSCDPLSVNPHSFPCPLPTSRNGSHPNVTSPCSTKTSNAAKTSQSSMSHGWGGSGSGSNSRSDSLDSTSSAPLKPHTGGDVRWDAITCASSRESPLGLTNFRLLKRLGYGDIGSVYLVELRGSNTFFAMKVMDKASLASRNKLLRAQTEREILGLLDHPFLPTLYSYFETEKFYCLVMEFCSGGNLHSLRQKQPNKHFTEEAARFYASEVLLALEYLH...
XP_057795101.1
MNETTRGDHVCDTGKMEAAEKHSHEVKRSVEAAVAKGSANPSVSCDPLSVNPHSFPCPLPTSRNGSHPNVTSPCSTKTSNAAKTSQSSMSHGWGGSGSGSNSRSDSLDSTSSAPLKPHTGGDVRWDAITCASSRESPLGLTNFRLLKRLGYGDIGSVYLVELRGSNTFFAMKVMDKASLASRNKLLRAQTEREILGLLDHPFLPTLYSYFETEKFYCLVMEFCSGGNLHSLRQKQPNKHFTEEAARFYASEVLLALEYLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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