Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000914

染色体: Chr02 坐标: 15850486-15868690 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000914
名称SmilChr02G000914
描述receptor kinase-like protein Xa21
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向15850486 - 15868690 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011349
GeneID131011349
locus_tag-
NCBI NameLOC131011349
原始查询LOC131011349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor kinase-like protein Xa21
产物receptor kinase-like protein Xa21
ArabidopsisAT3G47570 (AT3G47570)
Leucine-rich repeat protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823911]
identity=37.1; qcov=1.09; evalue=1.9e-129; confidence=medium
RiceOs11g0694850
-
identity=43.1; qcov=1; evalue=5.42e-162; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13855 (LRR_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011349

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795121.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795121.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795121.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795121.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795121.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:15850595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C19
Chr2:15850621 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,C19,C21,D2
Chr2:15850622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,C62,C84,D7
Chr2:15850712 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B64
Chr2:15850714 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,C24,C40
Chr2:15850842 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B32
Chr2:15850910 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 D10
Chr2:15850910 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 D10
Chr2:15851227 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:15851622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B17,B70,C33
Chr2:15851723 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B29,B41,B8,C30
Chr2:15851748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795121.1
582 aa
N
1
291
582
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13855 LRR_8 8-49 aa PF00560 LRR_1 14-36 aa PF00560 LRR_1 38-59 aa PF00560 LRR_1 63-82 aa PF00560 LRR_1 87-108 aa PF00560 LRR_1 113-132 aa PF00560 LRR_1 134-156 aa PF00560 LRR_1 158-180 aa PF00069 Pkinase 301-570 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 304-567 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795121.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 8 49 2.1e-19 69.8 Leucine rich repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 14 36 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 38 59 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 63 82 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 87 108 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 113 132 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 134 156 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 158 180 3.7e-22 74.3 Leucine Rich Repeat
XP_057795121.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 301 570 3e-42 145.6 Protein kinase domain
XP_057795121.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 304 567 1.5e-39 136.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939138.1
AACCTTCCAATTTGCAGCCATGGAGAAAAAGTTTTATTACATTTTTGCATATGCAGTCCTCACCATAATAACCTTCCCAATGCCTCCTTGTGCAATGAGCCTTGCCACTGATGAAGCTGCCCTTCTTGCCTTAAAAATGCGCATAACCTCAGACCCTTTCCGTATGCTTGCAACAAATTGGAGCAATAACTCGAGCTCCGTCTGCAGCTGGATTGGCGTCACTTGCAGTTTGCCACACCAAAGAGTAACAGCCTTGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011349
ATGTCTGGTAATATTCCTATTACAGTAAAGCATTTGAGAAAGCTCCAAGGTTTGTATCTAGGAAATAACAACATGAGAGGCTTCATTCCAGACGATCTGTGTGATTTACACAGTCTGTCTCAATTGAGTTTGAGTGGGAATCAACTATCAGGTCCAATTCCAAAATGTTTAGGAAATGCCACAGCCTTGAGACAGCTTTCTCTGGGCTCTAATAGGTTGACTTCAACCATACCATCAAGCTTGTGGCTCCTAAATGATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795121.1
MSGNIPITVKHLRKLQGLYLGNNNMRGFIPDDLCDLHSLSQLSLSGNQLSGPIPKCLGNATALRQLSLGSNRLTSTIPSSLWLLNDLLMLDLSENSLSGFLPLDVGNLVAVIYINLSRNELSMSIPSTIGNLQNLVNLSLAHNRFEGSIPMSMDNMINLVTLDLSYNNLSGSVPKSLQALQYLIYFNVSFNALSGEIPSGGPFVNFTMESFKGNEALCGIPRFHVPPCHIANKHRSQRMKVELALFIIVGIVAFTTICCL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器