当前解析结果
SmilChr02G000930| 统一新 Gene ID | SmilChr02G000930 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G000930 |
| 描述 | calcineurin B-like protein 3 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 16205047 - 16214520 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011366 |
|---|---|
| GeneID | 131011366 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011366 |
| 原始查询 | LOC131011366 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calcineurin B-like protein 3 |
| 产物 | calcineurin B-like protein 3 |
| Arabidopsis | AT4G26570 (CBL3)calcineurin B-like 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828764] identity=82.9; qcov=0.994; evalue=3.65e-98; confidence=high |
| Rice | Os03g0626800 (OsCBL3)- identity=81.2; qcov=0.994; evalue=5.88e-97; confidence=high |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0019722 (calcium-mediated signaling); GO:0019900 (kinase binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011366 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057795150.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.80000 | XP_057795151.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057795150.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057795150.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795151.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:16213781 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795150.1PF13833
EF-hand_8 64-111 aa
PF13202
EF-hand_5 88-109 aa
PF13499
EF-hand_7 122-187 aa
PF13202
EF-hand_5 168-192 aa
PF00036
EF-hand_1 168-194 aa
XP_057795151.1PF13202
EF-hand_5 88-109 aa
XP_057795152.1PF13202
EF-hand_5 88-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795150.1 |
Pfam | PF13833 |
EF-hand_8 | Domain | 64 | 111 | 9.5e-07 | 29.2 | EF-hand domain pair |
XP_057795150.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 88 | 109 | 5.4e-17 | 61.1 | EF hand |
XP_057795150.1 |
Pfam | PF13499 |
EF-hand_7 | Domain | 122 | 187 | 6.3e-16 | 59.2 | EF-hand domain pair |
XP_057795150.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 168 | 192 | 5.4e-17 | 61.1 | EF hand |
XP_057795150.1 |
Pfam | PF00036 |
EF-hand_1 | Domain | 168 | 194 | 1.1e-19 | 69.2 | EF hand domain |
XP_057795151.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 88 | 109 | 4.4e-08 | 33.0 | EF hand |
XP_057795152.1 |
Pfam | PF13202 |
EF-hand_5 | Domain | 88 | 109 | 4.1e-08 | 33.1 | EF hand |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
3 records
下载 cDNA FASTA3 records
下载 CDS FASTA3 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。