Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001039`

染色体: Chr02 坐标: 18483291-18489780 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001039`
名称	SmilChr02G001039
描述	ferric reduction oxidase 2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	18483291 - 18489780 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011454`
GeneID	`131011454`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011454`
原始查询	`LOC131011454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ferric reduction oxidase 2-like
产物	ferric reduction oxidase 2-like
Arabidopsis	`AT1G01580` (FRO2) ferric reduction oxidase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839411] identity=52.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0578600` (OsFRO2) - identity=58.2; qcov=0.578; evalue=9.36e-164; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01794 (Ferric_reduct); PF08022 (FAD_binding_8); PF08030 (NAD_binding_6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795229.1`
2	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057795229.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795229.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795229.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795229.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:18483390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr2:18483515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B20,C44,C50
`Chr2:18483533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B71,C23,C36
`Chr2:18484595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr2:18485719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr2:18485739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8
`Chr2:18485883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C69
`Chr2:18485883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr2:18487540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B20,B91,C31
`Chr2:18487543`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B124
`Chr2:18487579`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B20,B91,C14,C31
`Chr2:18487588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A9,B20,B91,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795229.1

713 aa

356

713

Ferric_reduct

FAD_binding_8

NAD_binding_6

PF01794 Ferric_reduct 177-297 aa PF08022 FAD_binding_8 330-429 aa PF08030 NAD_binding_6 436-697 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795229.1`	Pfam	`PF01794`	Ferric_reduct	Domain	177	297	7.1e-18	65.5	Ferric reductase like transmembrane component
`XP_057795229.1`	Pfam	`PF08022`	FAD_binding_8	Domain	330	429	1.1e-24	87.3	FAD-binding domain
`XP_057795229.1`	Pfam	`PF08030`	NAD_binding_6	Domain	436	697	3.2e-20	73.5	Ferric reductase NAD binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939246.1
TTCCCTTAACATTCTCCCATCAATTTCAAAAACATTCTTCACAAAAAGCTTATAATATACTAGTATACTATCATGGATCCACAAAGATCACCACCGCCGCGGGGTGGCGGCGGCAACAGAGGCATCCGGGCGGCGATAGCGGCGGCTGCGGCGGCCGTGTTTGGCGGTTACCTAGTTTTGTTGGTGGGGATGCCCACAAACGCCTATAAACAGACATGGCTGCCGCTGCTCCGAGCTAAAACCACCACCACTTACTTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011454
ATGGATCCACAAAGATCACCACCGCCGCGGGGTGGCGGCGGCAACAGAGGCATCCGGGCGGCGATAGCGGCGGCTGCGGCGGCCGTGTTTGGCGGTTACCTAGTTTTGTTGGTGGGGATGCCCACAAACGCCTATAAACAGACATGGCTGCCGCTGCTCCGAGCTAAAACCACCACCACTTACTTCGGAACTAACCAAGGTGCAACGTTCATGGTCTTCACATCTCCACTTCTATTAATTGCACTATTGGGATGTGTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795229.1
MDPQRSPPPRGGGGNRGIRAAIAAAAAAVFGGYLVLLVGMPTNAYKQTWLPLLRAKTTTTYFGTNQGATFMVFTSPLLLIALLGCVYLHLGKKSEINNIKSGDGENRLDIWKRPMIIKGLGIVSRIELAFFLMFIALLIWNLATYFHNDFAKITPKSAAQSGHKVWEAKLDMAALRLGLVGNIALTFLFFPVTRGSSVLQFLGLTSEASVKYHIWLGHIVMTFFTAHGLAYVIFWASTHQLSQMVKWENTGVSNLAGELS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器