当前解析结果
SmilChr02G001051| 统一新 Gene ID | SmilChr02G001051 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G001051 |
| 描述 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 18741084 - 18745446 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011463 |
|---|---|
| GeneID | 131011463 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011463 |
| 原始查询 | LOC131011463 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like |
| 产物 | phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH9-like |
| Arabidopsis | AT1G55840 (AT1G55840)Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842034] identity=67; qcov=0.961; evalue=3.24e-169; confidence=high |
| Rice | Os02g0200000- identity=64.1; qcov=0.967; evalue=1.17e-164; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00650 (CRAL_TRIO); PF03765 (CRAL_TRIO_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011463 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057795243.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795243.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795243.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795243.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057795243.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:18741706 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B129,B91,B98 |
Chr2:18742059 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C49,C69 |
Chr2:18742059 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C49,C69 |
Chr2:18742124 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C49,C69 |
Chr2:18742124 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C49,C69 |
Chr2:18742870 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:18743349 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B29,B97 |
Chr2:18745023 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 46 | A10,A18,A2,A20,B1,B103,B105,B109,B114,B115,B118,B122,B123,B139,B17,B22,B24,B33,B36,B47,B49,B51,B6,B60,B64,B7,B78,B79,B8,B86,B87,B95,C14,C16,C18,C23,C36,C37,C4,C45,C52,C61,C65,C67,C75,D2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795243.1PF03765
CRAL_TRIO_N 12-58 aa
PF00650
CRAL_TRIO 89-241 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795243.1 |
Pfam | PF03765 |
CRAL_TRIO_N | Domain | 12 | 58 | 2.7e-08 | 34.5 | CRAL/TRIO, N-terminal domain |
XP_057795243.1 |
Pfam | PF00650 |
CRAL_TRIO | Domain | 89 | 241 | 5.2e-20 | 72.5 | CRAL/TRIO domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。