Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001087

染色体: Chr02 坐标: 19496828-19501964 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001087
名称SmilChr02G001087
描述uncharacterized SmilChr02G001087
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向19496828 - 19501964 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011487
GeneID131011487
locus_tag-
NCBI NameLOC131011487
原始查询LOC131011487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011487

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795262.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057795262.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057795262.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795262.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795262.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:19500849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:19500865 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B36,B42,B88,C12,C67
Chr2:19500870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B15,B76,C45
Chr2:19500968 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B13
Chr2:19500968 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B13
Chr2:19500972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B31,B4,B44,D1
Chr2:19500973 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:19500985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:19500989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B29,B31,B4,B44,D1
Chr2:19500990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr2:19500996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B77,B85,B94,B99,C52
Chr2:19501028 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939279.1
GAAAACCATTTGCTAGTCAGCCTGACAAATGATCGTGAAGGGAATTTGCGGCTGGGAAATTCGAGCTTGGCCAGCTGAAAATAGGAAAATATCCCGAAATTTGCAAGTTACTCCAGCCTGGCTCTTATTTTGATGTAATTAACTATTTCAGCCAGCCTGAATATATCACATTGAATCCATCTGAATAGTCAATTCTTCAAATTGATTAATCTCCAGCCTGGCTCGAAAACTGAAAACGGAAGGGTATCCAGCCTGTAAAT...
XM_057939280.1
GGCTTCTATTTTGCGTGGAGATGAGTAGCTCTACCTTTGTTATTTGTTTGTTTGTTTACATATTTTCTTGTCTCCTTTTTTCTTTGAGGTTTTGTGCTCTCTTGAGGTGGAATTTTGCTCGAAAAGGAAGGGCAGAGGAAAAAGATAGATTTGAGAGAAAGCTATAGGCCTCTTTTTGTATAAGCTTGTCCGAGGAGGGGGCCTACCAGCTTGGCTTTCGATAGTGCTAGCAAGATCGATTGGTTTTTAGGTTTTAGCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011487
ATGTCGAAGTCATATGTTCCTCCTCTGCTTGGGAAGGGCGCTGCAATGGACGTGATCCGTAGGAATAGGCAGAAGGCTGCTAGCTCGAGTGGTGCGGTTACAGCTGATGTTACTGCAGCACGTGTCCCGCATTCGACCCGTGTTTCGGCTCACAAGAAAAAGCGGTCTGCTGAGGTTGACCTCACTTTGTCCGACCGGGTGGACGATGATCCTGTCAACCTGTCATTTCCGAACGTATCGGCGCATGCCCAGCTTGGACC...
LOC131011487
ATGTCGAAGTCATATGTTCCTCCTCTGCTTGGGAAGGGCGCTGCAATGGACGTGATCCGTAGGAATAGGCAGAAGGCTGCTAGCTCGAGTGGTGCGGTTACAGCTGATGTTACTGCAGCACGTGTCCCGCATTCGACCCGTGTTTCGGCTCACAAGAAAAAGCGGTCTGCTGAGGTTGACCTCACTTTGTCCGACCGGGTGGACGATGATCCTGTCAACCTGTCATTTCCGAACGTATCGGCGCATGCCCAGCTTGGACC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795262.1
MSKSYVPPLLGKGAAMDVIRRNRQKAASSSGAVTADVTAARVPHSTRVSAHKKKRSAEVDLTLSDRVDDDPVNLSFPNVSAHAQLGPVRGVAEQLLLPRDRDYLKEMGSGSVASELFDHAFLSLQKAAFLMERTGAMEAELRELRAERENWKGEMTAVKKTRDEARQVVKKLESAKLEDARRLERAVADCKELEAKVVALEQQVLYKSCETEVRVRGEMALAYLENQPPKTWDVQQYIDEFNEWKAGREEQAAELASNLA...
XP_057795263.1
MSKSYVPPLLGKGAAMDVIRRNRQKAASSSGAVTADVTAARVPHSTRVSAHKKKRSAEVDLTLSDRVDDDPVNLSFPNVSAHAQLGPVRGVAEQLLLPRDRDYLKEMGSGSVASELFDHAFLSLQKAAFLMERTGAMEAELRELRAERENWKGEMTAVKKTRDEARQVVKKLESAKLEDARRLERAVADCKELEAKVVALEQQVLYKSCETEVRVRGEMALAYLENQPPKTWDVQQYIDEFNEWKAGREEQAAELASNLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器