Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001142

染色体: Chr02 坐标: 20675172-20679004 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001142
名称SmilChr02G001142
描述uncharacterized SmilChr02G001142
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向20675172 - 20679004 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011526
GeneID131011526
locus_tag-
NCBI NameLOC131011526
原始查询LOC131011526

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715]; symbol=AT3G21610; hit=AT3G21610; species=arabidopsis; confidence=high
产物Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715]; symbol=AT3G21610; hit=AT3G21610; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G21610 (AT3G21610)
Acid phosphatase/vanadium-dependent haloperoxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821715]
identity=69.9; qcov=0.907; evalue=1.35e-76; confidence=high
RiceOs01g0901800 (P0035F12.32-2)
-
identity=65.2; qcov=0.839; evalue=5.18e-61; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF02681 (DUF212)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011526

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057795292.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057795292.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.40000 XP_057795292.1
4 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057795292.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795292.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:20677906 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93
Chr2:20677906 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795292.1
161 aa
N
1
80
161
DUF212
C
PF02681 DUF212 20-153 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795292.1 Pfam PF02681 DUF212 Family 20 153 4e-50 170.0 Divergent PAP2 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939309.1
CTAAATTCTCAAAAAGAAAACAACAATTAATTCTTCATCCAAATTGGTTGCGCGTGACTCTCCCTCCTCAAATCTTCCCCAATCAAAATTCCAAATCCCCACCGCCCGTCGATTCGGAACCTCAGAGCTCAAATCACTGTCATTTCCCTCAATCGCACGAATTCGATCCGGCGGCGAGGTGATGGCCGGCGCTGATGCTGATGCTGCGGCGACTCTCCGTTCCGCGCTTGCACCTGCAAACCTGTCGCTCGTTTCCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011526
ATGGCCGGCGCTGATGCTGATGCTGCGGCGACTCTCCGTTCCGCGCTTGCACCTGCAAACCTGTCGCTCGTTTCCGCCCTTCTCGCGTGTGCAATTGCTCAGTTCCTCAAACCTTTCACTACTTGGTTGAAGGTTAAAAAATGGGATTCTAGAAAGATGGTTAGCTCAGGTGGAATGCCATCATCACATTCAGCGACTGTCACTGCTCTAGCAACTGCAATTGGCTTGCAAGAAGGAGTTGGGGGGGCATCATTTTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795292.1
MAGADADAAATLRSALAPANLSLVSALLACAIAQFLKPFTTWLKVKKWDSRKMVSSGGMPSSHSATVTALATAIGLQEGVGGASFSIAVVLACVVMYDATGIRLHAGRQAELLNQIVCELPPDHPVANVRPLRDSLGHTPLQVVAGALLGCMVAFLLKITT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器