Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001170

染色体: Chr02 坐标: 21515796-21518855 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001170
名称SmilChr02G001170
描述APO protein 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向21515796 - 21518855 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011551
GeneID131011551
locus_tag-
NCBI NameLOC131011551
原始查询LOC131011551

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述APO protein 2, chloroplastic-like
产物APO protein 2%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT5G57930 (APO2)
APO RNA-binding protein (DUF794) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835904]
identity=65.6; qcov=0.995; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0732900 (OsISC41)
-
identity=66.8; qcov=0.853; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
PfamPF05634 (APO_RNA-bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011551

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057795300.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.40000 XP_057795300.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057795300.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795300.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795300.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:21516587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B126,C60,D5
Chr2:21516591 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:21517052 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:21517646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:21517766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:21518221 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795300.1
435 aa
N
1
218
435
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 67-263 aa PF05634 APO_RNA-bind 300-413 aa
XP_057795301.1
435 aa
N
1
218
435
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 67-263 aa PF05634 APO_RNA-bind 300-413 aa
XP_057795302.1
435 aa
N
1
218
435
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 67-263 aa PF05634 APO_RNA-bind 300-413 aa
XP_057795303.1
435 aa
N
1
218
435
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 67-263 aa PF05634 APO_RNA-bind 300-413 aa
XP_057795304.1
435 aa
N
1
218
435
APO_RNA-bind
APO_RNA-bind
C
PF05634 APO_RNA-bind 67-263 aa PF05634 APO_RNA-bind 300-413 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795300.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 67 263 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795300.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 300 413 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795301.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 67 263 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795301.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 300 413 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795302.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 67 263 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795302.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 300 413 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795303.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 67 263 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795303.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 300 413 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795304.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 67 263 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding
XP_057795304.1 Pfam PF05634 APO_RNA-bind Family 300 413 1.2e-120 401.0 APO RNA-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939318.1
ATTAAAATTAAAACAATTTTTTATCTTAATTTTGATTGCGATCGTAATTGGCCTCCAGCATTCCGGGATTGAAATAAGGGAAATTACGACCGGCAATTGAGATATGTATGTGATAATCCTGGCCTCTCATCACCCTCGTCTCGCCTCTCGCTCACACCCAATTTCGGCTCTGGCCACATCAACTGCCTCGTTTCTCCTCCCTCAAGCCGCCGCCGTTTGCTACTCTCCTTTTCCGATTCTGCCGAGCAACAACAGCGGCA...
XM_057939317.1
TTAAAATTAAAACAATTTTTTATCTTAATTTTGATTGCGATCGTAATTGGCCTCCAGCATTCCGGGATTGAAATAAGGGAAATTACGACCGGCAATTGAGATATGTATGTGATAATCCTGGCCTCTCATCACCCTCGTCTCGCCTCTCGCTCACACCCAATTTCGGCTCTGGCCACATCAACTGCCTCGTTTCTCCTCCCTCAAGCCGCCGCCGTTTGCTACTCTCCTTTTCCGATTCTGCCGAGCAACAACAGCGGCAT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131011551
ATGGAGGTTGGGTGTCTGTATTCCCATTTCAGCACAACTCCTTTCTCGCATTGTAAAAGGACATGCCTCAAGTTCGACTATCTGAAATGTAGCACACGGCGAGGTCTTAGTTCATTTGATTCTTTAAAGAGCACTTCCAATACACTCTGCCAATTGAACTTACGAATCTCATTAGAGAAGTCAAGTCACATTCGAGCTTTGATCATTAAGTGCGACCATCCTCAAAATGCAGATTTTCCTCGTTATTATTCTAAAAAAGA...
LOC131011551
ATGGAGGTTGGGTGTCTGTATTCCCATTTCAGCACAACTCCTTTCTCGCATTGTAAAAGGACATGCCTCAAGTTCGACTATCTGAAATGTAGCACACGGCGAGGTCTTAGTTCATTTGATTCTTTAAAGAGCACTTCCAATACACTCTGCCAATTGAACTTACGAATCTCATTAGAGAAGTCAAGTCACATTCGAGCTTTGATCATTAAGTGCGACCATCCTCAAAATGCAGATTTTCCTCGTTATTATTCTAAAAAAGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057795300.1
MEVGCLYSHFSTTPFSHCKRTCLKFDYLKCSTRRGLSSFDSLKSTSNTLCQLNLRISLEKSSHIRALIIKCDHPQNADFPRYYSKKEKKPFPIPIIELRRNARERLKNRNNQPRAPVPPPKIGLVVKRLIPLAYKVLNARTTLVNNLKKLLKVMPVNACKWCNEIHVGPIGHPFKSCRGSRASIRKGAHEWGKADVEDILVPLEAYHLYDRLGNRITHDERFSVPRVPAVVELCIQAGVDLPEYPTKRRRKPIIRIGKKE...
XP_057795301.1
MEVGCLYSHFSTTPFSHCKRTCLKFDYLKCSTRRGLSSFDSLKSTSNTLCQLNLRISLEKSSHIRALIIKCDHPQNADFPRYYSKKEKKPFPIPIIELRRNARERLKNRNNQPRAPVPPPKIGLVVKRLIPLAYKVLNARTTLVNNLKKLLKVMPVNACKWCNEIHVGPIGHPFKSCRGSRASIRKGAHEWGKADVEDILVPLEAYHLYDRLGNRITHDERFSVPRVPAVVELCIQAGVDLPEYPTKRRRKPIIRIGKKE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器