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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001200

染色体: Chr02 坐标: 22140193-22141444 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001200
名称SmilChr02G001200
描述protein translation factor SUI1 homolog 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向22140193 - 22141444 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011576
GeneID131011576
locus_tag-
NCBI NameLOC131011576
原始查询LOC131011576

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein translation factor SUI1 homolog 1
产物protein translation factor SUI1 homolog 1
ArabidopsisAT5G54940 (AT5G54940)
Translation initiation factor SUI1 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835585]
identity=82.1; qcov=1; evalue=9.79e-67; confidence=high
RiceOs07g0529800 (GOS2)
-
identity=78.3; qcov=1.03; evalue=2.82e-62; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0003743 (translation initiation factor activity); GO:0006413 (translational initiation)
KEGG-
PfamPF01253 (SUI1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795326.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795326.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795326.1
4 Nucleolus 核仁 0.60000 XP_057795326.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795326.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:22140455 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795326.1
138 aa
N
1
69
138
SUI1
C
PF01253 SUI1 53-126 aa
XP_057795327.1
112 aa
N
1
56
112
SUI1
C
PF01253 SUI1 27-100 aa
XP_057795328.1
112 aa
N
1
56
112
SUI1
C
PF01253 SUI1 27-100 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795326.1 Pfam PF01253 SUI1 Domain 53 126 1.5e-25 90.2 Translation initiation factor SUI1
XP_057795327.1 Pfam PF01253 SUI1 Domain 27 100 9.1e-26 90.9 Translation initiation factor SUI1
XP_057795328.1 Pfam PF01253 SUI1 Domain 27 100 9.1e-26 90.9 Translation initiation factor SUI1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939345.1
GAGTATAGCGCGTAACAACGACAGCGAAAATCATTATGAAAATATATTTTTGTTCCCCACGATTCCGAAATTCCCAAAATGCAACACCTTTGTGCCCGAGTCCGTGTGCGTTGAACCTACGCTAAACTCGTCAATCCAATCCTGTCCATTCAAATGGTTAACCATAGTTAGATCTAACCTTTAACCATAGTTCACTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTATTGTGTGGCTACGCACCGCCTCTATTTCCTCTATAAATTGACA...
XM_057939344.1
CATAGTTAGATCTAACCTTTAACCATAGTTCACTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTATTGTGTGGCTACGCACCGCCTCTATTTCCTCTATAAATTGACATAACCAACCCCATTTCTTCATACTTCCAATTATCGAAAGCATCTCCCAATTCGTAAGCAGGAAAGGCGATCGAATCCCGGTTAGAAAGTAAAAATCCAACAAGGTTGATGGTTGAGGTAGACATTCAAATTCCATCTGCTTTTGATCCTTTTGCTGAGGCCA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011576
ATGCTGTTTTCGTTATTTGTGATCTGTGCAGGAAAGGCGATCGAATCCCGGTTAGAAAGTAAAAATCCAACAAGGTTGATGGTTGAGGTAGACATTCAAATTCCATCTGCTTTTGATCCTTTTGCTGAGGCCAAGGAGTCGGGCGGCGCGGGGACTAAGGAATATGTGCATATACGCATCCAGCAGAGGAATGGGAAGAAAAGCTTGACGACTGTGCAGGGGCTGAGGAAGGAGTTCAGCTACGAGAAGATTCTGAAAGA...
LOC131011576
ATGGTTGAGGTAGACATTCAAATTCCATCTGCTTTTGATCCTTTTGCTGAGGCCAAGGAGTCGGGCGGCGCGGGGACTAAGGAATATGTGCATATACGCATCCAGCAGAGGAATGGGAAGAAAAGCTTGACGACTGTGCAGGGGCTGAGGAAGGAGTTCAGCTACGAGAAGATTCTGAAAGATCTGAAGAAGGAGTTTTGCTGCAACGGCAACGTGGTCCAGGACAAGGAGCTGGGCAAGGTGATTCAGCTGCAGGGCGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795326.1
MLFSLFVICAGKAIESRLESKNPTRLMVEVDIQIPSAFDPFAEAKESGGAGTKEYVHIRIQQRNGKKSLTTVQGLRKEFSYEKILKDLKKEFCCNGNVVQDKELGKVIQLQGDQRKNVSQFLISAGLVKKDQIKIHGF
XP_057795327.1
MVEVDIQIPSAFDPFAEAKESGGAGTKEYVHIRIQQRNGKKSLTTVQGLRKEFSYEKILKDLKKEFCCNGNVVQDKELGKVIQLQGDQRKNVSQFLISAGLVKKDQIKIHGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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