Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G001252`

染色体: Chr02 坐标: 23020538-23023699 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G001252`
名称	SmilChr02G001252
描述	rab GTPase-activating protein 22-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	23020538 - 23023699 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011625`
GeneID	`131011625`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011625`
原始查询	`LOC131011625`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	rab GTPase-activating protein 22-like
产物	rab GTPase-activating protein 22-like
Arabidopsis	`AT4G27100` (AT4G27100) Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828818] identity=67.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0525400` - identity=61.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005096 (GTPase activator activity); GO:0090630 (activation of GTPase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00566 (RabGAP-TBC); PF23436 (RabGap-TBC_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795382.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795382.1`
3	Vesicle	囊泡	0.20000	`XP_057795382.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795382.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795382.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:23021700`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:23022090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B103
`Chr2:23023072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B93,C2
`Chr2:23023114`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:23023174`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,D11
`Chr2:23023175`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B109,C79,D2
`Chr2:23023225`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C3
`Chr2:23023233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C75,C9
`Chr2:23023424`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B137
`Chr2:23023424`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B137
`Chr2:23023426`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	A7,B108,B140,B63
`Chr2:23023426`	`C`	`CGG`	2bp_insertion	CDS_variant	4	A7,B108,B140,B63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795382.1

427 aa

214

427

RabGAP-TBC

RabGap-TBC_2

PF00566 RabGAP-TBC 163-318 aa PF23436 RabGap-TBC_2 197-316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795382.1`	Pfam	`PF00566`	RabGAP-TBC	Family	163	318	5.1e-40	138.2	Rab-GTPase-TBC domain
`XP_057795382.1`	Pfam	`PF23436`	RabGap-TBC_2	Domain	197	316	1.1e-12	48.8	RabGAP TBC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939399.1
CCATGGGTCGGATCGACCCTTGTGCAGAGCCACCTTCTTCACTACCTGTTGTGTGGTTTGGAGCCCTCCCACCCACCCTTTGTTAAAAGGAACCAGCCATTTTTTTCCTTCAACTTTTGCTCTGCCTTCTTCCAACAATATCTACGCCTACTTTTCATTTCTTTCTCTTTCCTTTTTTTCAAGGAAAGCATTGTTTCTTTCCTTTTGTTTCTTTTTTCATTTTTGATACATTGAAACAATGTGGAGATTCGACCCTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011625
ATGTGGAGATTCGACCCTGGAATTCCAGCTGATTCTTATTATGAGGTGCGCCCTGAATGCGCTGCTAGTGTTCCACAAAGCAAGTTCAGAATCAAGACTGGAAAAACATTAAGCGTTCAGAAATGGAATACTGCTTTCTCTCCAGAAGGCCTTCTTGACATAAGCAAAATACTTGGTCGAATCCAACGTGGGGGGGTGCACCCCTCAATCAGAGGTGAAGTATGGGAATTCTTATTGGGGAGTTTTGACCCCCATAGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795382.1
MWRFDPGIPADSYYEVRPECAASVPQSKFRIKTGKTLSVQKWNTAFSPEGLLDISKILGRIQRGGVHPSIRGEVWEFLLGSFDPHSTYDERQQTRESRRVKYEILKELCKKMFSLIGSGKYVTAPIITETGEPTQDPIAIKQIYGDSPPDLQQQAYDDGPMDKRELDWKLTLHQIGLDVVRTDRTLMFYEKDENLAKLWDILSVYSWYDADVGYCQGMSDLCSPMIMLLENEADAFWCFERLMRKLRGNFRCTERSVGVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器