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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001255

染色体: Chr02 坐标: 23049463-23051744 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001255
名称SmilChr02G001255
描述polyubiquitin
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23049463 - 23051744 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011627
GeneID131011627
locus_tag-
NCBI NameLOC131011627
原始查询LOC131011627

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述polyubiquitin
产物polyubiquitin
ArabidopsisAT4G05320 (UBQ10)
polyubiquitin 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825880]
identity=99.8; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0681400 (Ubi1)
-
identity=99.8; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0019941 (modification-dependent protein catabolic process); GO:0031386 (protein tag activity); GO:0031625 (ubiquitin protein ligase binding)
KEGGsmil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00240 (ubiquitin); PF11976 (Rad60-SLD); PF14560 (Ubiquitin_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011627

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795383.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057795383.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057795383.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057795383.1
5 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057795383.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23050366 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C17
Chr2:23050426 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:23050458 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C74
Chr2:23050458 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 C74
Chr2:23050474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B33
Chr2:23050486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr2:23050519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B43
Chr2:23050528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B94,C58,C82,C86
Chr2:23050546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B43
Chr2:23050630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B92,C12,C13
Chr2:23050659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:23050765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795383.1
457 aa
N
1
228
457
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
Rad60-SLD
ubiquitin
Ubiquitin_2
C
PF11976 Rad60-SLD 1-71 aa PF00240 ubiquitin 3-74 aa PF14560 Ubiquitin_2 12-69 aa PF11976 Rad60-SLD 77-147 aa PF00240 ubiquitin 79-150 aa PF14560 Ubiquitin_2 87-145 aa PF11976 Rad60-SLD 153-223 aa PF00240 ubiquitin 155-226 aa PF14560 Ubiquitin_2 163-221 aa PF11976 Rad60-SLD 229-299 aa PF00240 ubiquitin 231-302 aa PF14560 Ubiquitin_2 239-297 aa PF11976 Rad60-SLD 305-375 aa PF00240 ubiquitin 307-378 aa PF14560 Ubiquitin_2 315-373 aa PF11976 Rad60-SLD 381-451 aa PF00240 ubiquitin 383-454 aa PF14560 Ubiquitin_2 391-449 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 1 71 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 3 74 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 12 69 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 77 147 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 79 150 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 87 145 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 153 223 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 155 226 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 163 221 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 229 299 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 231 302 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 239 297 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 305 375 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 307 378 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 315 373 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain
XP_057795383.1 Pfam PF11976 Rad60-SLD Family 381 451 9.1e-104 340.1 Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like
XP_057795383.1 Pfam PF00240 ubiquitin Domain 383 454 1.1e-193 628.1 Ubiquitin family
XP_057795383.1 Pfam PF14560 Ubiquitin_2 Domain 391 449 2.6e-32 111.9 Ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939400.1
TATACGCTACCGCCCGAGGCATTTTTCTCCTTAAGTCGGCTACCTCCGCTATATAATCCCTCCTTTCCGCCTTAATCTTCATTACTCAATTCTCTCCAGCTACAATTTCTTTTCTCCAAATCTCTTCTTTCTACGATTCTCTTCGTTCCGTTTGGTCAAGATGCAGATCTTTGTGAAAACCCTCACCGGCAAGACCATCACCCTCGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATCGATAATGTCAAGGCTAAGATCCAGGATAAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011627
ATGCAGATCTTTGTGAAAACCCTCACCGGCAAGACCATCACCCTCGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATCGATAATGTCAAGGCTAAGATCCAGGATAAGGAAGGGATTCCCCCGGACCAGCAGAGACTGATCTTTGCCGGAAAGCAGCTCGAGGACGGCCGTACCCTTGCGGACTACAACATCCAGAAGGAGTCGACCCTCCACTTGGTCCTCCGTCTCCGTGGTGGTATGCAGATCTTCGTCAAGACCCTCACGGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795383.1
MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGTQLEDGRTLADYNIQKESTLHLVLRLRGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKAKIQD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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