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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001261

染色体: Chr02 坐标: 23119586-23122429 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001261
名称SmilChr02G001261
描述uncharacterized SmilChr02G001261
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23119586 - 23122429 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011630
GeneID131011630
locus_tag-
NCBI NameLOC131011630
原始查询LOC131011630

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transport protein particle (TRAPP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835565]; symbol=AT5G54750; hit=AT5G54750; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transport protein particle (TRAPP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835565]; symbol=AT5G54750; hit=AT5G54750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G54750 (AT5G54750)
Transport protein particle (TRAPP) component [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835565]
identity=86.6; qcov=1; evalue=1.27e-123; confidence=high
RiceOs07g0642300 (P0524G08.123)
-
identity=85; qcov=1; evalue=5.72e-121; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006891 (intra-Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030008 (TRAPP complex); GO:0033106 (cis-Golgi network membrane)
KEGG-
PfamPF04051 (TRAPP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011630

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795384.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795384.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057795384.1
4 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057795384.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057795384.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23119773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:23119775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B129,B91
Chr2:23122148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:23122166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B19,B21,B77,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795384.1
186 aa
N
1
93
186
TRAPP
C
PF04051 TRAPP 24-171 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795384.1 Pfam PF04051 TRAPP Family 24 171 2.3e-43 148.3 Transport protein particle (TRAPP) component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939401.1
ATAAACACGTATGTGGTGGAGTACAAAATATTTTTGAAGTGATAAAACAAGCCAAAATACATTCAGCTAAAGGGGGAAATACATAAGTTTCCCATAGACGGAGAATCAGTTCACAATCTCTTCGAAGATCTGAGTTTTGGAGATTCAATTTCACAAATCCCTTCAAGATCTCGCTCTCATGGCTCCCGCCGCTCCCAAGTCCGGTGATGTGATTTTCGCCAGTGTAGATCGCGTTAACGCGGAGCTTTTTACTCTGACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011630
ATGGCTCCCGCCGCTCCCAAGTCCGGTGATGTGATTTTCGCCAGTGTAGATCGCGTTAACGCGGAGCTTTTTACTCTGACATACGGTGCTATCGTGCGCCAGCTGATTACCGATCTGGAGGAAGTGGAGGAGGTTAACAAGCAGCTCGATCAAATGGGTTATAATATCGGGGTCCGTCTGGTTGATGAATTTCTTGCCAAATCAAGCGTGTCAAGGTGTGTCGATTTCAGGGAAACAGCTGAAGTCATTGCCAAGGTTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795384.1
MAPAAPKSGDVIFASVDRVNAELFTLTYGAIVRQLITDLEEVEEVNKQLDQMGYNIGVRLVDEFLAKSSVSRCVDFRETAEVIAKVGFKMFLGVTASVTNWDAEGTTCSLILEDNPLVDFVELPDTCQGLHYCNILSGVVRGALEMVSMKTEVTWLRDMLRGDDVFELQVKLLKQVPEEYPYKDDE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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