Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002579`

染色体: Chr02 坐标: 44836106-44838426 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002579`
名称	SmilChr02G002579
描述	WAT1-related protein At1g43650-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	44836106 - 44838426 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011636`
GeneID	`131011636`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011636`
原始查询	`LOC131011636`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	WAT1-related protein At1g43650-like
产物	WAT1-related protein At1g43650-like
Arabidopsis	`AT1G43650` (UMAMIT22) nodulin MtN21 /EamA-like transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840949] identity=49.5; qcov=0.957; evalue=1.07e-104; confidence=high
Rice	`Os05g0493800` - identity=39.5; qcov=0.997; evalue=1.05e-77; confidence=medium
GO	GO:0005886 (plasma membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF00892 (EamA)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795391.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057795390.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057795390.1`
4	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057795391.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795391.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:44836931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr2:44837215`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr2:44837956`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B49,C40,D6
`Chr2:44838051`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D7
`Chr2:44838051`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795390.1

354 aa

177

354

EamA

PF00892 EamA 16-148 aa PF00892 EamA 187-312 aa

XP_057795391.1

348 aa

174

348

EamA

PF00892 EamA 16-148 aa PF00892 EamA 187-325 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795390.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	16	148	5e-25	89.1	EamA-like transporter family
`XP_057795390.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	187	312	5e-25	89.1	EamA-like transporter family
`XP_057795391.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	16	148	4.3e-28	99.0	EamA-like transporter family
`XP_057795391.1`	Pfam	`PF00892`	EamA	Domain	187	325	4.3e-28	99.0	EamA-like transporter family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939407.1
CTGAGTTTTCTTTCTTGATGTTGAGATTCGTGATTTTTATGCGCCGTTATGGACTGTTTAGAGCGTGGTAGACAAGCAGATGCTGGTGGACTCATTGATTGGAAGAGGTGATTATAATTGTTGTCTTTTTCCCAGTAAAGAATATTTTGAGGCCAGCGGCTGCCCATCTCCTGTAACAGCTTGCTTTAATTGAATAGTGACAAAAGCATTTCAGTCATGTGTGATGTGATGGGACGATGGAATCTTTGTTGTCTATATAA...

XM_057939408.1
CTGAGTTTTCTTTCTTGATGTTGAGATTCGTGATTTTTATGCGCCGTTATGGACTGTTTAGAGCGTGGTAGACAAGCAGATGCTGGTGGACTCATTGATTGGAAGAGGTGATTATAATTGTTGTCTTTTTCCCAGTAAAGAATATTTTGAGGCCAGCGGCTGCCCATCTCCTGTAACAGCTTGCTTTAATTGAATAGTGACAAAAGCATTTCAGTCATGTGTGATGTGATGGGACGATGGAATCTTTGTTGTCTATATAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131011636
ATGGCTGGCTTGCGAAGTCTGCTGGCGTCTCTGGAGACGAAGAAGCCATACCTGGCCATGATACTCATACAGTTCATCTCTGCTGGCATGTCTTTGCTGTCTAAGGCCGCCATCACTACGGGGATGGACCCTTACGTCTTTGTAGTCTATCGCCAAGCATTTGCTACGTTTGCATTGGCCCCTTTCGCATTCTTCCTTGAGAGAGGCAACAAGTCTCCTCCACTGCCATTCACCTTGTTCTGCAAGATAGTCTTGGTTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057795390.1
MAGLRSLLASLETKKPYLAMILIQFISAGMSLLSKAAITTGMDPYVFVVYRQAFATFALAPFAFFLERGNKSPPLPFTLFCKIVLVSTGIAVSLNLFHFALSYVSATFASALVNMCPAMTFILALCFRMERLSIKQGHGMAKVVGSALGFAGAMVCTFVQGPAIYSESRKDFLRAYKQSYSRGDWMKGSLIMLGANGAWCMWFIMQGPLIKQYPAKLRLTALQCLSSCALSAIWAAAKQRERESWRLGWNINLVSVFYCG...

XP_057795391.1
MAGLRSLLASLETKKPYLAMILIQFISAGMSLLSKAAITTGMDPYVFVVYRQAFATFALAPFAFFLERGNKSPPLPFTLFCKIVLVSTGIAVSLNLFHFALSYVSATFASALVNMCPAMTFILALCFRMERLSIKQGHGMAKVVGSALGFAGAMVCTFVQGPAIYSESRKDFLRAYKQSYSRGDWMKGSLIMLGANGAWCMWFIMQGPLIKQYPAKLRLTALQCLSSCALSAIWAAAKQRERESWRLGWNINLVSVFYCG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器