当前解析结果
SmilChr02G002591| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002591 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002591 |
| 描述 | UPF0496 protein At3g49070-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 45059177 - 45060382 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011646 |
|---|---|
| GeneID | 131011646 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011646 |
| 原始查询 | LOC131011646 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UPF0496 protein At3g49070-like |
| 产物 | UPF0496 protein At3g49070-like |
| Arabidopsis | AT3G49070 (AT3G49070)transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824069] identity=36; qcov=1.03; evalue=1.16e-32; confidence=medium |
| Rice | Os03g0148000- identity=27.6; qcov=1.29; evalue=2.31e-23; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011646 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057795406.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057795406.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057795406.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795406.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795406.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:45059490 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B114,B85,C72 |
Chr2:45059493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C50,C76 |
Chr2:45059645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:45059961 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A2,B122 |
Chr2:45060001 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C8 |
Chr2:45060001 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr2:45060231 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B124,C25,C6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。