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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004721

染色体: Chr01 坐标: 65405552-65406580 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004721
名称SmilChr01G004721
描述uncharacterized SmilChr01G004721
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向65405552 - 65406580 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011649
GeneID131011649
locus_tag-
NCBI NameLOC131011649
原始查询LOC131011649

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0587600
-
identity=66.7; qcov=0.096; evalue=8.57e-09; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011649

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795412.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057795412.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795412.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795412.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795412.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:65405584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B44,B93,C52
Chr1:65405585 CTT C 2bp_deletion frameshift_variant 5 A2,B32,C25,C5,D5
Chr1:65405585 CTT C 2bp_deletion CDS_variant 5 A2,B32,C25,C5,D5
Chr1:65405734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr1:65405806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr1:65405853 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B5,C63
Chr1:65405853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,C63
Chr1:65405911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr1:65406017 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C16
Chr1:65406017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr1:65406050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B138,C3,C49
Chr1:65406062 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939429.1
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011649
ATGTCTGATATCAACAAAAGAGAATTCACCGAGCTTGCTCTTGATGGTGGTAACTATTTGACTTGGGCTTTGGATGTTGAAATATACCTCGCCTCATGTGATTTGAGTGACGCTATAGTTCCAGATTCTTCATGTAGCTCCGCCCAGAAGGCGAAAGCTTTGATTTTCTTGCGTCATCATTTGAATAAGGACTTAAAAAATGAGTACCTTACTGAAAAGGACCCTGTTGTACTATGGCAATCCCTGAAGGATCGCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795412.1
MSDINKREFTELALDGGNYLTWALDVEIYLASCDLSDAIVPDSSCSSAQKAKALIFLRHHLNKDLKNEYLTEKDPVVLWQSLKDRFDQQKAIILPQAQYDWLNLRFQDFKSVIEYNSTLHRIVSQLKLCKQEVTEIDLIEKTLSTFHASNLVLQQQYRAKNYTRHSELISALLVAEKHNQLLMRNHNARPVGSQAVPEAHATTYRGGRGRGRGKANWSQRGGRGWSYRGGRGRGRGYNHIARFQSHGKGSHKTSHPQEAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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