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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002594

染色体: Chr02 坐标: 45096274-45099182 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002594
名称SmilChr02G002594
描述protein LAZ1 homolog 1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45096274 - 45099182 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011650
GeneID131011650
locus_tag-
NCBI NameLOC131011650
原始查询LOC131011650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LAZ1 homolog 1-like
产物protein LAZ1 homolog 1-like
ArabidopsisAT1G77220 (AT1G77220)
organic solute transporter ostalpha protein (DUF300) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844058]
identity=68.2; qcov=1.02; evalue=2.84e-128; confidence=high
RiceOs05g0516900
-
identity=62; qcov=1; evalue=1.64e-109; confidence=high
GOGO:0005215 (transporter activity); GO:0006810 (transport)
KEGG-
PfamPF03619 (Solute_trans_a)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795409.1
2 Endosome 内体 0.60000 XP_057795410.1
3 Endosome membrane 内体膜 0.60000 XP_057795410.1
4 Vesicle 囊泡 0.40000 XP_057795410.1
5 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057795410.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45096641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr2:45096850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr2:45096941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr2:45097512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C86,D9
Chr2:45097565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C58
Chr2:45097573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B11,B48,B73,B89
Chr2:45097692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr2:45097697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,C58,D7
Chr2:45098132 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:45098177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr2:45098228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795409.1
310 aa
N
1
155
310
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 20-185 aa
XP_057795410.1
257 aa
N
1
128
257
Solute_trans_a
C
PF03619 Solute_trans_a 1-132 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795409.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 20 185 8e-55 186.7 Organic solute transporter Ostalpha
XP_057795410.1 Pfam PF03619 Solute_trans_a Family 1 132 4e-43 148.4 Organic solute transporter Ostalpha

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939426.1
TTTAAATTCCAACAATAGGGCATTGTGATTATGAGAGACGATATCAACTGAAGATGAGATATTCTACATTAAGAACTATGGAATTGCCTCTTGCTCACCACAATTTTGAGATTTACATCTTTCTTTTTCCCTCTAAAGTCATCCTCTACTTTTTATGTTTGTTGTTTCATAAAATGCGATTTCAGATTTTTTTAAATTGCGTGTTTTCTTTCTGTCATAAACCCTTGAAGCAGACATGAATACTTGTTCCAAATCAAACT...
XM_057939427.1
TACCTCTTACTTATCTCTTGTAGATGATATTTATGCTTACGGAATTGTTCGACATCCTTTTCCATTAAATTGCTTCTTAAGGGATTGGAAGCTTGGTTCTGAATTCTATCAAGCTGTAAAAATTGGCATTGTGCAATGATATTGAAGATGATATGTGCATTACTTGCGATGATTTTTGAATCTCTGGGTGTTTATGGCGAAGGAAAGTTCGAGTGGGGATATGCTTATCCGTATTTAGCGGTAGTACTAAATTTCTGCCA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131011650
ATGGAAGGCCAAAGCTTGGTTACCTCTTACTTATCTCTTGTAGATGATATTTATGCTTACGGAATTGTTCGACATCCTTTTCCATTAAATTGCTTCTTAAGGGATTGGAAGCTTGGTTCTGAATTCTATCAAGCTGTAAAAATTGGCATTGTGCAGTATATGATATTGAAGATGATATGTGCATTACTTGCGATGATTTTTGAATCTCTGGGTGTTTATGGCGAAGGAAAGTTCGAGTGGGGATATGCTTATCCGTATTT...
LOC131011650
ATGATATTGAAGATGATATGTGCATTACTTGCGATGATTTTTGAATCTCTGGGTGTTTATGGCGAAGGAAAGTTCGAGTGGGGATATGCTTATCCGTATTTAGCGGTAGTACTAAATTTCTGCCAAACCTGGGCCTTATATTGCCTTGTGCAGTTTTATTCTGTTACGAAGAATAAATTGGCACCGATTAAACCTTTGGCCAAGTTTTTGACATTTAAGTCAATTATCTTCCTGACGTGGTGGCAAGGTGTCGCTGTTGC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057795409.1
MEGQSLVTSYLSLVDDIYAYGIVRHPFPLNCFLRDWKLGSEFYQAVKIGIVQYMILKMICALLAMIFESLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFCQTWALYCLVQFYSVTKNKLAPIKPLAKFLTFKSIIFLTWWQGVAVAFLFSLGAFEGSLAQVLETRIQDYFICLEMGVAAVIHIHVFPAEPYKHGERCERNVAVMADYASLEAPPDPEEAQDCERSPTLHDSMIKEGEETHPKIHQSVCDVVLGSGGIIVEDVKFTV...
XP_057795410.1
MILKMICALLAMIFESLGVYGEGKFEWGYAYPYLAVVLNFCQTWALYCLVQFYSVTKNKLAPIKPLAKFLTFKSIIFLTWWQGVAVAFLFSLGAFEGSLAQVLETRIQDYFICLEMGVAAVIHIHVFPAEPYKHGERCERNVAVMADYASLEAPPDPEEAQDCERSPTLHDSMIKEGEETHPKIHQSVCDVVLGSGGIIVEDVKFTVSHVVEPVERGLCKLNRTFHHISENMKKHEKCKNDCCLVPLNLSTKEISNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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