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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002604

染色体: Chr02 坐标: 45179813-45182605 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002604
名称SmilChr02G002604
描述early nodulin-like protein 14
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45179813 - 45182605 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011657
GeneID131011657
locus_tag-
NCBI NameLOC131011657
原始查询LOC131011657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述early nodulin-like protein 14
产物early nodulin-like protein 14
ArabidopsisAT1G21090 (AT1G21090)
Cupredoxin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838705]
identity=50.2; qcov=1; evalue=2.17e-66; confidence=high
RiceOs01g0963800
-
identity=55.3; qcov=0.177; evalue=4.02e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011657

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795417.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795417.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795417.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795417.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45180362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C2,D4
Chr2:45180389 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,B53,B71,B98,C82
Chr2:45180773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,D10
Chr2:45180776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:45180851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B37,B53,B71,C82
Chr2:45182417 A AGT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 8 A20,B124,B18,B23,B52,C31,C75,C87
Chr2:45182440 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr2:45182440 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 D4
Chr2:45182444 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 D4
Chr2:45182444 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939434.1
CTCCACCACATAAAGTTCACATTTAGTATGGGTACTTTTATTATACTACTACTATGCAACATGTTGATAATCACAACATGAATCATTTTAGAATGATAATGCCCATCATCAGTATCAAATCCCACTACAAATAAATGCTCTTTCCCCTCATTCTTTATACATATTTTTTACTTTGGAGAAACTATTTTTACAATGACAAAATCATTCCAACTTTTACTGTGAAAAATATACATTGTTCCTCACTAATTTAATTTATACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011657
ATGGTTTTCTCCTACATTTTGATCCTCGTATTTTCTGTGCAACTACTTCAAATCTCAGAGTCTGCAACAGTTGTGGTTGACGGAGTTTCAGAGTGGAAAAATCCTGAGCTTCAAATAGGAGATTGTGTCATTTTCCAGCACAAATATCACTACAGCCTCTACATTTTCAAGAACCAAGAAGCTTTCTCTCTCTGCAACTTCACTCAAGCCACAATCTTGACAAACCCCAACTCCTCAGTTTACACTTGGCGCACATCACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795417.1
MVFSYILILVFSVQLLQISESATVVVDGVSEWKNPELQIGDCVIFQHKYHYSLYIFKNQEAFSLCNFTQATILTNPNSSVYTWRTSRPGFFYFSFYNGSNQACLEGEKLAVKVTSAAAAPTPPPTSGGYVASSPAFPWPFQPRDGAPPPSAAPGPVAPEREGIPFINSNPAVPLPTGEVDSATIRPLPTSAHQQSKQVLGVERAVSCVILLLMMV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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