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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002637

染色体: Chr02 坐标: 45763583-45764729 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002637
名称SmilChr02G002637
描述UPF0496 protein At3g49070-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向45763583 - 45764729 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011680
GeneID131011680
locus_tag-
NCBI NameLOC131011680
原始查询LOC131011680

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述UPF0496 protein At3g49070-like
产物UPF0496 protein At3g49070-like
ArabidopsisAT3G49070 (AT3G49070)
transmembrane protein, putative (DUF677) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824069]
identity=32.5; qcov=1.26; evalue=1.48e-32; confidence=low
RiceOs03g0148000
-
identity=27.2; qcov=1.31; evalue=3.27e-23; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011680

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795449.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795449.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795449.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795449.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795449.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:45763972 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B64,C68
Chr2:45764014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B14,B64,B66,C68
Chr2:45764153 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C58
Chr2:45764203 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B1,B17,C41,D4
Chr2:45764488 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr2:45764557 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939466.1
CAACATCTCTCTCTCTCATACACACGCACAATACTAGACAGTTAATTAATTTCCTCAAGTAAATGACGTGATATATATGTACACCTCAAATTGCATGCTTTCATCCTAGCTTTTCCTCCTTTGACACACTAGAAATTTTAGGAAACAACCAAAAATTCTCCAACAATTAAAGGTTTCCTACAAAAAAGCATATCATCTTTGAAGATGAAGGTGAACGTGAACGACGAGTATCTGTGCGCGGTGAGGACAAAATCCTTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011680
ATGAAGGTGAACGTGAACGACGAGTATCTGTGCGCGGTGAGGACAAAATCCTTCGCAGATTTCTTCATACAAGCGCAACTCCTCGTAAACCATTCTCATCCCTCCATTAATCTCCTCCTCAATCCGCCCCAGGAAACCATAGCCTCGCTCCTCAAGTCATCGCCTCATCTCAACTCAATCCTCTCCGACTACTTCAACATCAGCGCCGAAGCCTCCGCCCTCTGCGCCGCCCTCCTCCAAACCCTAATCCACCTCCAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795449.1
MKVNVNDEYLCAVRTKSFADFFIQAQLLVNHSHPSINLLLNPPQETIASLLKSSPHLNSILSDYFNISAEASALCAALLQTLIHLQTNYRSINQIINSRHHEFLQLAVSGLLDNPFADLNGQDYFQKIHDKHSRVLKRLRKKMAGKLRMIEFLFSGMRRFGVFKRGSVTRRAADVAAKGAWILKRDFDTMGRLVARIGDEIEHSRAMMEVCLDRDCLEVLKECEFGVSRQAEELEEHVYLCLLTINRARAMVVREICRNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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