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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002641`

染色体: Chr02 坐标: 45823521-45826770 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002641`
名称	SmilChr02G002641
描述	uncharacterized SmilChr02G002641
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	45823521 - 45826770 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011685`
GeneID	`131011685`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011685`
原始查询	`LOC131011685`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin Y1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844010]; symbol=TY1; hit=AT1G76760; species=arabidopsis; confidence=high
产物	thioredoxin Y1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844010]; symbol=TY1; hit=AT1G76760; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G76760` (TY1) thioredoxin Y1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844010] identity=76.2; qcov=0.657; evalue=4.95e-60; confidence=high
Rice	`Os01g0963400` - identity=68.5; qcov=0.651; evalue=7.9e-55; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0015035 (protein-disulfide reductase activity); GO:0016671 (oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor)
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin); PF13098 (Thioredoxin_2); PF13728 (TraF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057795458.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057795458.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795458.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795458.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795458.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:45823881`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B108,B5
`Chr2:45823977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B108,B5
`Chr2:45826403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795458.1

166 aa

166

TraF

Thioredoxin

Thioredoxin_2

PF13728 TraF 28-158 aa PF00085 Thioredoxin 64-159 aa PF13098 Thioredoxin_2 72-159 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795458.1`	Pfam	`PF13728`	TraF	Family	28	158	1.3e-05	25.9	F plasmid transfer operon protein
`XP_057795458.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	64	159	1.2e-29	103.1	Thioredoxin
`XP_057795458.1`	Pfam	`PF13098`	Thioredoxin_2	Domain	72	159	4e-09	37.5	Thioredoxin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939475.1
GAAGTTGCATATTCATCAACTTTTGTCTAAATATATTCAACTTTGTTAAAAAAAATCAGGTTTTATATTTATGAATGAATATTTAATTGTATTGCGTTCTCAACCAAAATAGGTTTTGCTTCATCATCATTAGTTTCATCCAACTCCAACACGCCATTTCACATGCCATTTTTTATATTTTTTGTTTTATTTTAATTATAATTAGCATTGTTTAAGTTTCCAAATCTCTTTGCCTTCTTCATTGTTTATTCCCATTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011685
ATGGCGATTTCCACAACGGCGGCAATTCCTATCGTCGGTGAAACGTCGCCGCTTAACAATTCCAAGCTCGCTCACTTCTCCTCTCTCCAGTTTTCCAGTGAGCTCCGTATTTCCCAGTTTTCAAACCGTTGCCTGAAATCTAAGCCCCGCCATCCAACGCTTGCGCCGGTTGCATCAAAGAAGCAGTCATTCACTTCATTTGAGGAGTTGTTGGAAAATTCTGATAAGCCAGTTTTGGTTGACTTCTATGCTACTTGGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795458.1
MAISTTAAIPIVGETSPLNNSKLAHFSSLQFSSELRISQFSNRCLKSKPRHPTLAPVASKKQSFTSFEELLENSDKPVLVDFYATWCGPCQFMVPILDQVGTSMNDKIQIVKIDTEKYPSIANKYKIEALPTFILFKDGEPFDRFEGAMGKDKLVERIEASLEVKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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