Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002656`

染色体: Chr02 坐标: 45994844-45997233 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002656`
名称	SmilChr02G002656
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.6
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	45994844 - 45997233 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011698`
GeneID	`131011698`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011698`
原始查询	`LOC131011698`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.6
产物	L-type lectin-domain containing receptor kinase S.6
Arabidopsis	`AT5G42120` (AT5G42120) Concanavalin A-like lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834217] identity=47.4; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os02g0459600` (LECRKS7) - identity=38.2; qcov=0.978; evalue=1.29e-121; confidence=medium
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0030246 (carbohydrate binding)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00139 (Lectin_legB); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011698

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057795474.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795474.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795474.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795474.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795474.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:45995061`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr2:45995316`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,D4
`Chr2:45995399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C51
`Chr2:45995493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,A13,B117,C27
`Chr2:45995630`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr2:45995689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr2:45995793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A9,D1
`Chr2:45996181`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C43
`Chr2:45996252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C22,C74
`Chr2:45996315`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,C51,D11
`Chr2:45996348`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B124,B5,C48,C54,C87
`Chr2:45996384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795474.1

678 aa

339

678

Lectin_legB

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF00139 Lectin_legB 20-238 aa PF00069 Pkinase 347-560 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 349-561 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795474.1`	Pfam	`PF00139`	Lectin_legB	Domain	20	238	2.2e-41	142.7	Legume lectin domain
`XP_057795474.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	347	560	3.4e-36	125.7	Protein kinase domain
`XP_057795474.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	349	561	1.2e-35	123.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939491.1
CCGGATGTACAGTATAGCAGCTCTTGTAAAAATAGTAATGAGATACAAATAAAATCACATCTCGAGAGCGAGGGGGAATTTTGGCCGCTCTATTTTATCATTGCTTCCACACAGAAAAGAAAAGAAAACACTCCAAACAATTCAAAAAGGCCACTGCTGCTTTCGAATTCAGTTCCAAGAAAATCCCTTCGAATCTTGATTTTCCCTCCAAAATCAAACCAGAATTTCAAGAATGCAGCCGTCTCCTCTCAATCTCCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011698
ATGCAGCCGTCTCCTCTCAATCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTCCACCTCAACCGCTTTCTCCCCCGCCCACAACGTCACCCTCTTCGAAGACGCATCCTGGAGCAATCCGCAGCGCGGCTCCTTTTCTCTCACTAAACCCAAGAGCTGCACCGCCCCATCGCCGCCGCCGTTGTTCGCCATGGGTAGAGCATTCTACTCGAACCCAGTCCGCTTCCTTGACCACTCAACCAGCGCCACCGCCTCCTTCTCCTGCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795474.1
MQPSPLNLLLLLLLFSTSTAFSPAHNVTLFEDASWSNPQRGSFSLTKPKSCTAPSPPPLFAMGRAFYSNPVRFLDHSTSATASFSCSFSFTTTNPRSCPLGDGIAFLITSTAAAASTPQHTHMGLPPPQDSYFAVEFDTNSNHVGIDVDNVTSVASADAAKISLRDNREITTWIEYRHSDTMIRIWITHSNNIRPKNPILASKIDLSKRFKEFMSVGFTAANVRGSSVYTVERWRFKTFLGMVPPSMEAVKTGDCSVCSQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器