Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002672`

染色体: Chr02 坐标: 46295891-46297375 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002672`
名称	SmilChr02G002672
描述	SKP1-interacting partner 15
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46295891 - 46297375 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011706`
GeneID	`131011706`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011706`
原始查询	`LOC131011706`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	SKP1-interacting partner 15
产物	SKP1-interacting partner 15
Arabidopsis	`AT1G76920` (AT1G76920) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844027] identity=55.3; qcov=0.949; evalue=1.52e-143; confidence=high
Rice	`Os04g0686700` (OsFbox239) - identity=45.9; qcov=0.811; evalue=8.84e-88; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011706

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795486.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057795486.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795486.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795486.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795486.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46296088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:46296114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr2:46296330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr2:46296399`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr2:46296495`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr2:46296753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B57,B87
`Chr2:46296767`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C74
`Chr2:46296810`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B77,B81,B83,B95,C4
`Chr2:46296908`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B93,C40
`Chr2:46296911`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,C80
`Chr2:46296921`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B93
`Chr2:46296951`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795486.1

408 aa

204

408

F-box-like

F-box

PF12937 F-box-like 35-77 aa PF00646 F-box 36-76 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795486.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	35	77	5.4e-06	26.8	F-box-like
`XP_057795486.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	36	76	1e-07	32.2	F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939503.1
GTTATAACATAAACCTTGATATATTTATTAGTGGCAAATCTAGTCAAACATAAAAATCAGGTCCCCGCAGTTGAGGGTTGACGGCGGCTGACCCGATCCGACCCGGCCCATTAAACCCCACCCAAATTAACAAAGCAAGGGAAATGTTCGTTAACTGCTCTTTCTCTCTCCGCTCACATTTTCCGACCAAAGAAAACCGAGGTTTTACTGCTTCCGCCGCCCAATCCGCCATGGAATCCTCCCCATTCAACAATCTACCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011706
ATGTTCGTTAACTGCTCTTTCTCTCTCCGCTCACATTTTCCGACCAAAGAAAACCGAGGTTTTACTGCTTCCGCCGCCCAATCCGCCATGGAATCCTCCCCATTCAACAATCTACCCCAAGACACCCTCCACCAGATCTTCTGCCACCTGCCCCTCCGCGAAATCGCCGCCGCCAAGTGCTTGTGCAAGGCCCTCCGCGCCGCTCTCTCCTCCGCCTCGTTCCTCCACCACCTCCGCAGCCAATCCCGCCCCCTCCCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795486.1
MFVNCSFSLRSHFPTKENRGFTASAAQSAMESSPFNNLPQDTLHQIFCHLPLREIAAAKCLCKALRAALSSASFLHHLRSQSRPLPLLALKTSHRHVSTLLTLHAFDPAANQWLKFSLSFLPFAGLHPITSSNGLLYLWASSHTSRTPQNSQKALVVCNPLTGRFKTLPQLGSAWSRHGAVLAGSLSVVLVLTELAVLYYSENGNPNDDDFSPNSLNWLKFSSNLPSKPRSPVLISDFILTLCDVGSPWRSQWAMFKARV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器