Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002686`

染色体: Chr02 坐标: 46544823-46545660 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002686`
名称	SmilChr02G002686
描述	60S ribosomal protein L10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46544823 - 46545660 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011719`
GeneID	`131011719`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011719`
原始查询	`LOC131011719`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	60S ribosomal protein L10-like
产物	60S ribosomal protein L10-like
Arabidopsis	`AT1G26910` (RPL10B) Ribosomal protein L16p/L10e family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837036] identity=86.4; qcov=0.995; evalue=5.62e-143; confidence=high
Rice	`Os05g0169100` (SG12) - identity=87.7; qcov=0.991; evalue=4.59e-144; confidence=high
GO	GO:0000027 (ribosomal large subunit assembly); GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022625 (cytosolic large ribosomal subunit)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00252 (Ribosomal_L16)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011719

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795504.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057795504.1`
3	Nucleolus	核仁	0.20000	`XP_057795504.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795504.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795504.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46544969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B50,B60,C49
`Chr2:46544986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7
`Chr2:46544993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B97,C36
`Chr2:46545004`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A7,C2
`Chr2:46545049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C36,C59,C60
`Chr2:46545060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B53,B66,C60
`Chr2:46545088`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B31,C35
`Chr2:46545145`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B105,B139,B4,B97
`Chr2:46545162`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B53,B66
`Chr2:46545162`	`ACG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B53,B66
`Chr2:46545179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	126	A11,A15,A18,A20,A23,A24,A25,A3,A4,A7,B10,B100,B101,B102,B106,B108,B109,B11,B114,B117,B121,B131,B132,B133,B136,B139,B15,B16,B17,B20,B21,B22,B23,B26,B28,B3,B30,B36,B37,B39,B4,B40,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B5,B51,B52,B53,B54,B57,B58,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B71,B72,B73,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B84,B85,B89,B93,C1,C11,C13,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C28,C30,C31,C32,C35,C36,C37,C38,C39,C40,C41,C43,C45,C48,C49,C52,C53,C54,C55,C56,C6,C60,C61,C65,C68,C69,C7,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C82,C83,C84,D1,D2,D3,D7
`Chr2:46545192`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B9,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795504.1

221 aa

110

221

Ribosomal_L16

PF00252 Ribosomal_L16 12-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795504.1`	Pfam	`PF00252`	Ribosomal_L16	Domain	12	166	4e-36	124.6	Ribosomal protein L16p/L10e

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939521.1
TTTGTCTTGAATCGGGGAGCCGAGCAGACTCATCGCCATGGGGAGAAGACCTGCAAGGTGCTATCGTCAAATCAAGAACAAACCCTACCCAAAGTCACGATTCTGTCGTGGTGTGCCTGATCCCAAGATCAGGATTTATGATGTGGGAATGAAAAGAAAGGGTGTTGATGAATTTCCTTTCTGTGTGCATTTGGTCAGTTGGGAGAAGGAAAATGTTTCAAGTGAGGCACTCGAAGCAGCACGTATTGCATGCAACAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011719
ATGGGGAGAAGACCTGCAAGGTGCTATCGTCAAATCAAGAACAAACCCTACCCAAAGTCACGATTCTGTCGTGGTGTGCCTGATCCCAAGATCAGGATTTATGATGTGGGAATGAAAAGAAAGGGTGTTGATGAATTTCCTTTCTGTGTGCATTTGGTCAGTTGGGAGAAGGAAAATGTTTCAAGTGAGGCACTCGAAGCAGCACGTATTGCATGCAACAAGTACATGACAAAGTTTGCTGGAAAGGATGCTTTCCATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795504.1
MGRRPARCYRQIKNKPYPKSRFCRGVPDPKIRIYDVGMKRKGVDEFPFCVHLVSWEKENVSSEALEAARIACNKYMTKFAGKDAFHLRVRVHPFHVLRINKMLSCAGADRLQTGMRGAFGKPQGVCARVAIGQVLLSVRCKDNNSPHAQEALRRAKFKFPGRQKIIVSRKWGFTKYNRTDYLRWKSENRIMPDGVNAKLLGCHGPLALRQPGRAFVDAATL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器