Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002695`

染色体: Chr02 坐标: 46682644-46683894 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002695`
名称	SmilChr02G002695
描述	protein MKS1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46682644 - 46683894 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011729`
GeneID	`131011729`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011729`
原始查询	`LOC131011729`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein MKS1-like
产物	protein MKS1-like
Arabidopsis	`AT3G18690` (MKS1) MAP kinase substrate 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821400] identity=38.6; qcov=1.07; evalue=3.85e-24; confidence=medium
Rice	`Os02g0539500` (OsVQ8) - identity=41; qcov=1.01; evalue=7.35e-26; confidence=medium
GO	GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05678 (VQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011729

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795520.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057795520.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057795520.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795520.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795520.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46683341`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr2:46683398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C37
`Chr2:46683455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C28,C5
`Chr2:46683499`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr2:46683499`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr2:46683638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795520.1

229 aa

114

229

PF05678 VQ 62-89 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795520.1`	Pfam	`PF05678`	VQ	Motif	62	89	6.1e-13	48.7	VQ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939537.1
TACATATCCACCCATAAACCTAATATAAATATTTTCTTCACCATCGCCAAAGAGGATAGCAACCAACCAACATTTATTGCTACCAAATTGCCAAAAACAACCGTCACATATCTCCATTTCTCTCCGCCGCCGCCGCCGCCATGGACTTTCCGGACTTCTCTTCCGGCCGGTCTCCGAGGAGGGAGCTCCAAGGCCCCCGCCCGGCCCCCCTCAAAGTCCGTAAAGACTCCCACAAGATCCGAAAACCACCGGTGGCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011729
ATGGACTTTCCGGACTTCTCTTCCGGCCGGTCTCCGAGGAGGGAGCTCCAAGGCCCCCGCCCGGCCCCCCTCAAAGTCCGTAAAGACTCCCACAAGATCCGAAAACCACCGGTGGCGCCCCCGCCGGCCGGCCTCCCCCACCAGCAGCCCCACGCGCCGCCGCGGCCGCCGGTCATAATTTACACGGTCTCCCCCAAGATCATCCATGCAAACCCTAACGAGTTCATGTCGCTAGTCCAACGTTTGACCGGCCCCAACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795520.1
MDFPDFSSGRSPRRELQGPRPAPLKVRKDSHKIRKPPVAPPPAGLPHQQPHAPPRPPVIIYTVSPKIIHANPNEFMSLVQRLTGPNATSPSSAPAFPFHEGGGALSPAARFASIERTKSPDGRRTAPPAGEMVDGIEIDSIIQRSGQQFPGILSPNPNALPPIPPNFFNISSDNNNPLNFFHDLSPVLHSSRNFSENNFLFSSPSTFISPHINTPSPNTLDLFHSLFDL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器