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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002701

染色体: Chr02 坐标: 46845979-46850611 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002701
名称SmilChr02G002701
描述glycolipid transfer protein 3-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向46845979 - 46850611 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011737
GeneID131011737
locus_tag-
NCBI NameLOC131011737
原始查询LOC131011737

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycolipid transfer protein 3-like
产物glycolipid transfer protein 3-like
ArabidopsisAT1G21360 (GLTP2)
glycolipid transfer protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838735]
identity=47.4; qcov=1.01; evalue=9.84e-76; confidence=high
RiceOs08g0108700
-
identity=43.4; qcov=0.778; evalue=2.34e-49; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0016020 (membrane); GO:0035627 (ceramide transport); GO:0120009 (intermembrane lipid transfer); GO:1902387 (ceramide 1-phosphate binding); GO:1902388 (ceramide 1-phosphate transfer activity)
KEGG-
PfamPF08718 (GLTP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795535.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795536.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795535.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795535.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795535.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:46846033 TC * 1bp_deletion CDS_variant 1 B53
Chr2:46846035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B20,C2,C32,C68
Chr2:46846058 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B69
Chr2:46846058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:46846060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B6,C63
Chr2:46846061 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B1
Chr2:46846061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:46848867 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,C48
Chr2:46848906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B113,B17
Chr2:46848937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr2:46848975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B57,B82,B87
Chr2:46848993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B6,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795535.1
304 aa
N
1
152
304
GLTP
C
PF08718 GLTP 121-261 aa
XP_057795536.1
243 aa
N
1
122
243
GLTP
C
PF08718 GLTP 60-201 aa
XP_057795538.1
243 aa
N
1
122
243
GLTP
C
PF08718 GLTP 60-201 aa
XP_057795539.1
243 aa
N
1
122
243
GLTP
C
PF08718 GLTP 60-201 aa
XP_057795540.1
243 aa
N
1
122
243
GLTP
C
PF08718 GLTP 60-201 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795535.1 Pfam PF08718 GLTP Domain 121 261 5.3e-38 131.3 Glycolipid transfer protein (GLTP)
XP_057795536.1 Pfam PF08718 GLTP Domain 60 201 3.2e-38 132.0 Glycolipid transfer protein (GLTP)
XP_057795538.1 Pfam PF08718 GLTP Domain 60 201 3.2e-38 132.0 Glycolipid transfer protein (GLTP)
XP_057795539.1 Pfam PF08718 GLTP Domain 60 201 3.2e-38 132.0 Glycolipid transfer protein (GLTP)
XP_057795540.1 Pfam PF08718 GLTP Domain 60 201 3.2e-38 132.0 Glycolipid transfer protein (GLTP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939552.1
ATACACAGTTGGGAGTTGTGTAACACCCCGTTATTCCCTAACTATGTTTAGAACTCCCCTCCAAACTGAAACTACACAACAGCAAATCTATTCCTGCATTATTCACCACCTCTCCCACAATTTCACGAGATTCAGCAACGCAGCAGAAAATCAAACCCCAACTGTCAGCCATATATTCAAACTCAAGAGCTCCAAGTACGTCGTCGGCGTCTGTGTAGTATATATAATGAAGCGGAGGAGAGAGTTTGAGATGGTGGCAT...
XM_057939556.1
TGTAACACCCCGTTATTCCCTAACTATGTTTAGAACTCCCCTCCAAACTGAAACTACACAACAGCAAATCTATTCCTGCATTATTCACCACCTCTCCCACAATTTCACGAGATTCAGCAACGCAGCAGAAAATCAAACCCCAACTGTCAGCCATATATTCAAACTCAAGGTTGGCTGGCCGGTGCTGACGGGACTGAGCTGAGGCTAGGGTTCAATTTCTATATAGACTTCCGCTGTATATATATAATGAAGCGGAGGAG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131011737
ATGTTTAGAACTCCCCTCCAAACTGAAACTACACAACAGCAAATCTATTCCTGCATTATTCACCACCTCTCCCACAATTTCACGAGATTCAGCAACGCAGCAGAAAATCAAACCCCAACTGTCAGCCATATATTCAAACTCAAGAGCTCCAAGTACGTCGTCGGCGTCTGTGTAGTATATATAATGAAGCGGAGGAGAGAGTTTGAGATGGTGGCATCGGAGATCAGGTCCGCCATTGAGGAGGTGTCGTTGCTAGTGGT...
LOC131011737
ATGAAGCGGAGGAGAGAGTTTGAGATGGTGGCATCGGAGATCAGGTCCGCCATTGAGGAGGTGTCGTTGCTAGTGGTCAACCTCAAAACTGGCGCCGCCGCCGCTGTTGATGATGCCGTTCCGAATACTGCTCCCGTTCCGATTCCTGCTCCTGTTCCTGTTCAGACTAGTGTCCATATTCAGATCAAGCCGTTTCTCTCTCTCTGCAATTTGCTCGTTCAAGTTCTCGATAAGATAGGGCCAACAATGGCTGTGTTGAG...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057795535.1
MFRTPLQTETTQQQIYSCIIHHLSHNFTRFSNAAENQTPTVSHIFKLKSSKYVVGVCVVYIMKRRREFEMVASEIRSAIEEVSLLVVNLKTGAAAAVDDAVPNTAPVPIPAPVPVQTSVHIQIKPFLSLCNLLVQVLDKIGPTMAVLRQDIRHNIERLEKFYESDPSIYWDVVEILKKEVNEGKAKKGPTCSKAFVWLNRSLDFALALLELLVKDFGRNMEEAVEASYITTLKPWHGWISSAAYKVALKLVPDSRTFVDV...
XP_057795536.1
MKRRREFEMVASEIRSAIEEVSLLVVNLKTGAAAAVDDAVPNTAPVPIPAPVPVQTSVHIQIKPFLSLCNLLVQVLDKIGPTMAVLRQDIRHNIERLEKFYESDPSIYWDVVEILKKEVNEGKAKKGPTCSKAFVWLNRSLDFALALLELLVKDFGRNMEEAVEASYITTLKPWHGWISSAAYKVALKLVPDSRTFVDVLKVKGEEDDVLKKDIQNLISLLIPVLEQNKDILRAYGLDKLKST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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