Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002708`

染色体: Chr02 坐标: 46945602-46947426 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002708`
名称	SmilChr02G002708
描述	pathogen-related protein-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	46945602 - 46947426 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011744`
GeneID	`131011744`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011744`
原始查询	`LOC131011744`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pathogen-related protein-like
产物	pathogen-related protein-like
Arabidopsis	`AT1G78780` (AT1G78780) pathosis-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844214] identity=46.9; qcov=0.92; evalue=3.52e-77; confidence=high
Rice	`Os01g0248500` (OSJNBa0049B20.20) - identity=53; qcov=0.893; evalue=2.11e-83; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011744

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795555.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057795555.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795555.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795555.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795555.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:46946041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr2:46946088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C17,C85
`Chr2:46946112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr2:46946113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A19
`Chr2:46946145`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B43,C17,C85
`Chr2:46946657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:46946776`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B65,B78,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939572.1
GGATGCATGTAACTTAGAATTGTACTACATTTGATTGGTATATCATCCATACATAAATATTCTATAGAAAGTTCAATAACTAATTTATACTTATCTAAATAATTTATACTAATTTATTTTACTTATTAATTAGTATAAATTATTCATAAAGGTGATCAGAGGAAGTTGAAAATCATAAAAATGCCGTGCACGTACTAACGTACGAAAAGTAAAGTATTAAGATGACTAGTTGCCTGAAAATATACTTAGTAAATTAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011744
ATGCCCTTGCATTTGCATGATTGCATCCCAATCCTTTCACCAAACCACATCTCACTTACATCAGCTCAATCCTATTCGACACAAAACATGGCAACTGGTGGCAACAAATACCGATCCTACTTGAGCCCAGAGGAGCTCAAGACCACCCAATGGAGAGCTGGACCTCCCGATTACGCCATAGTCGATAAGCTCTTCGAAGAAGGCAGAACCAATGTTTGGCCCGCTGGATCCTTGGAAGAGTATGTTCAGAATCTTGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795555.1
MPLHLHDCIPILSPNHISLTSAQSYSTQNMATGGNKYRSYLSPEELKTTQWRAGPPDYAIVDKLFEEGRTNVWPAGSLEEYVQNLVKTWEMELVHKANPDEFKTLDAQKFVLGINGKKFFSLEETGKIGGSYNVFLQTSLPPKLRFYDPDEETYDSSQTAFKQVFPRGFALEVVQVYSGPPVIAYKYRHWGYMEGSYKDLPPTGELIEIFGMAIFELNEESKVVKVEFFHDRGELLAGLIKGKPSHESEGVVTTPSGCPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器