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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000361

染色体: Chr01 坐标: 7426246-7428349 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000361
名称SmilChr01G000361
描述uncharacterized SmilChr01G000361
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向7426246 - 7428349 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011750
GeneID131011750
locus_tag-
NCBI NameLOC131011750
原始查询LOC131011750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0292200
-
identity=28.4; qcov=0.135; evalue=1.24e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795599.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057795599.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057795599.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.40000 XP_057795599.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057795599.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:7426277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C1
Chr1:7426293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:7426294 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B111,C25,D2,D3
Chr1:7426294 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,C25,D2,D3
Chr1:7426315 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C25
Chr1:7426315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr1:7426322 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B73,C59,C78,C84
Chr1:7426395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr1:7426398 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,C30,C35,C75
Chr1:7426427 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B71,C62
Chr1:7426470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B47
Chr1:7426471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A18,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939616.1
ATGTTTAATCAAGGGCAACAGAATCCCAACTCGGGGTGGAGAACTCAGCAGAATTCTGGATGGAGGAACCAAGCGCCTGGCCAAGGGTCGGGACCAAATCAAGGCAATCAATTCCGCCGCCCTCCTCAGCAATTTGGGTATCAGAATCAGCAGCAGTTTTACCCACCTCAGCAGCAGTTCCCCTTTCCTCAGCAGCAGAACTACCCTCAAGCTTACCAGCAGCAGCCCCCGCAGTATCAGCAGTACCAACAACTCCCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011750
ATGTTTAATCAAGGGCAACAGAATCCCAACTCGGGGTGGAGAACTCAGCAGAATTCTGGATGGAGGAACCAAGCGCCTGGCCAAGGGTCGGGACCAAATCAAGGCAATCAATTCCGCCGCCCTCCTCAGCAATTTGGGTATCAGAATCAGCAGCAGTTTTACCCACCTCAGCAGCAGTTCCCCTTTCCTCAGCAGCAGAACTACCCTCAAGCTTACCAGCAGCAGCCCCCGCAGTATCAGCAGTACCAACAACTCCCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795599.1
MFNQGQQNPNSGWRTQQNSGWRNQAPGQGSGPNQGNQFRRPPQQFGYQNQQQFYPPQQQFPFPQQQNYPQAYQQQPPQYQQYQQLPMQQGNFQQQQQQFQTAPQQFQKQAQPQKPTLEDTMQSFMEMTKQSMESQSATIKRLETTVGQLSGTLNQMQQQQQPGKLHGQGLQPHQAQAVTVLRSGKVVNNKVEAPVEEPPKEARMEKQVKEPLQPREEDKEKEKEPEVKLHKAVKPYKPPVPYPSRLKNEKLDQQFTDFYN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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