当前解析结果
SmilChr01G004783| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004783 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004783 |
| 描述 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 66028084 - 66028785 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011770 |
|---|---|
| GeneID | 131011770 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011770 |
| 原始查询 | LOC131011770 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| 产物 | cytosolic sulfotransferase 15-like |
| Arabidopsis | AT5G07010 (ST2A)sulfotransferase 2A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830592] identity=40.1; qcov=0.974; evalue=2.33e-54; confidence=medium |
| Rice | Os12g0137700- identity=47.9; qcov=0.798; evalue=1.7e-52; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00685 (Sulfotransfer_1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011770 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057795597.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057795597.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795597.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795597.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795597.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:66028226 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B120,B6,C53,C78 |
Chr1:66028281 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B112,B128,B140,B61 |
Chr1:66028313 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B62 |
Chr1:66028334 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:66028415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B24 |
Chr1:66028421 |
GCT |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B122 |
Chr1:66028421 |
GCT |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B122 |
Chr1:66028425 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A19,B124,B21,B42,B62 |
Chr1:66028461 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B122,B65,C53,D9 |
Chr1:66028461 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B122,B65,C53,D9 |
Chr1:66028465 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B50 |
Chr1:66028515 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | B65,C53,D9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795597.1PF00685
Sulfotransfer_1 44-221 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795597.1 |
Pfam | PF00685 |
Sulfotransfer_1 | Domain | 44 | 221 | 2.2e-47 | 162.3 | Sulfotransferase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。