Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004800`

染色体: Chr01 坐标: 66208500-66209420 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004800`
名称	SmilChr01G004800
描述	cytosolic sulfotransferase 12-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66208500 - 66209420 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011814`
GeneID	`131011814`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011814`
原始查询	`LOC131011814`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytosolic sulfotransferase 12-like
产物	cytosolic sulfotransferase 12-like
Arabidopsis	`AT1G18590` (SOT17) sulfotransferase 17 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838440] identity=37.7; qcov=1.02; evalue=9.23e-69; confidence=medium
Rice	`Os12g0137700` - identity=42.7; qcov=0.85; evalue=4.93e-70; confidence=medium
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0008146 (sulfotransferase activity); GO:0051923 (sulfation)
KEGG	-
Pfam	PF00685 (Sulfotransfer_1); PF13469 (Sulfotransfer_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011814

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795649.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795649.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795649.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795649.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795649.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66208520`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B62,D9
`Chr1:66208832`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B88,B99,C31
`Chr1:66209024`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr1:66209032`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:66209066`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B95
`Chr1:66209066`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B95
`Chr1:66209238`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A14,C1,C51,C67
`Chr1:66209238`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A14,C1,C51,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795649.1

306 aa

153

306

Sulfotransfer_1

Sulfotransfer_3

PF00685 Sulfotransfer_1 51-299 aa PF13469 Sulfotransfer_3 136-230 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795649.1`	Pfam	`PF00685`	Sulfotransfer_1	Domain	51	299	6.1e-62	210.0	Sulfotransferase domain
`XP_057795649.1`	Pfam	`PF13469`	Sulfotransfer_3	Domain	136	230	7.4e-10	40.2	Sulfotransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939666.1
ATGGATAATGTTGAGTTAGACATGGATGTAGCATCTCTCCCAAAACAAAAATGGGTGGGAGATGAGCATCTCGTCCAATTTGGAGGCTTTTGGTTTGTCCCTCAACACATGAAGCTAATCAAAAGAGTGATAAACCATTTCACTCCACTCCCCACCGATGTGATCCTAGCTACTTCTCCCAAAACAGGCACCACTTGGCTCAAATCTCTTCTCTACTCTATCCTCAATCGATCCTTCAAACATAAGTTGGCCGTTCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011814
ATGGATAATGTTGAGTTAGACATGGATGTAGCATCTCTCCCAAAACAAAAATGGGTGGGAGATGAGCATCTCGTCCAATTTGGAGGCTTTTGGTTTGTCCCTCAACACATGAAGCTAATCAAAAGAGTGATAAACCATTTCACTCCACTCCCCACCGATGTGATCCTAGCTACTTCTCCCAAAACAGGCACCACTTGGCTCAAATCTCTTCTCTACTCTATCCTCAATCGATCCTTCAAACATAAGTTGGCCGTTCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795649.1
MDNVELDMDVASLPKQKWVGDEHLVQFGGFWFVPQHMKLIKRVINHFTPLPTDVILATSPKTGTTWLKSLLYSILNRSFKHKLAVQHPHQLVPFLEGPPDSDELSFPTASLDTCRLFSTHISYQLLAKTLDSCECRVVYLTRNPKDTLVSLWHFMKKRRANQPWTIDEAADAFCRGVTPYGPYYDHVIGYRALSLKRPENVMFVNYEEMKEDPHGHVKKLGDFLGCPFQEEDEVKEIVKNCSFEVQSSYEVNKSEQSLIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器