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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002787

染色体: Chr02 坐标: 47940967-47944805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002787
名称SmilChr02G002787
描述uncharacterized SmilChr02G002787
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向47940967 - 47944805 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011818
GeneID131011818
locus_tag-
NCBI NameLOC131011818
原始查询LOC131011818

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838757]; symbol=AT1G21560; hit=AT1G21560; species=arabidopsis; confidence=low
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838757]; symbol=AT1G21560; hit=AT1G21560; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G21560 (AT1G21560)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838757]
identity=30.9; qcov=0.485; evalue=2.5e-12; confidence=low
RiceOs05g0423200
-
identity=32.3; qcov=0.343; evalue=1.84e-09; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011818

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795653.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057795653.1
3 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057795653.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795653.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795653.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:47942355 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 5 A20,B39,B65,C4,C80
Chr2:47942355 G GCA 2bp_insertion CDS_variant 5 A20,B39,B65,C4,C80
Chr2:47942394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B69,C86
Chr2:47942396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:47942470 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 8 A18,B110,B124,B16,B6,B8,B88,C67
Chr2:47942572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr2:47942576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C43,D9
Chr2:47942633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:47942742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,D11
Chr2:47943064 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 8 A18,B110,B124,B16,B6,B88,C22,C67
Chr2:47943066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr2:47943461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B8,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939679.1
AGAAAAAATGAATAATTGAAGTCCAATGTTGACGCCCATTTCTCCTTCTTTTCTTCACCTCCTTTTCTTGCGGTCATCTGGCCGCCGTACGGACAGATCCGCCCCGCCTTCTCTGCCAAAGTCTCCGTTTTTCGTCGCTCTCTCCGCCTCTCTTTCACTCTGTCTTTTCCGTAGCCTCGCATATCACTCATCGCCGTGCGGATCATCCTGCCGCAATACCACTCAGGTACACACAAGTCTGCCTCTCCGGCCTGCATATG...
XM_057939678.1
AGAAAAAATGAATAATTGAAGTCCAATGTTGACGCCCATTTCTCCTTCTTTTCTTCACCTCCTTTTCTTGCGGTCATCTGGCCGCCGTACGGACAGATCCGCCCCGCCTTCTCTGCCAAAGTCTCCGTTTTTCGTCGCTCTCTCCGCCTCTCTTTCACTCTGTCTTTTCCGTAGCCTCGCATATCACTCATCGCCGTGCGGATCATCCTGCCGCAATACCACTCAGGTACACACAAGTCTGCCTCTCCGGCCTGCATATG...

CDS

12 records

下载 CDS FASTA
LOC131011818
ATGGCACTTAAACCCTATGCCAGACATCAACATTTAGTTCCCAGTGATGTTAAATCCGAGTTAAGACATGCTAGAGCGAGAGCAGGGAGCAAATACGATGGCATGAAGTTGTTAACACTCATGGAGCGAAAAGGTAGCATAGATGAGGTCTACAAGAACATGTTATTAAGCCTTCTAACTATGTACGACAAGCCTGATCCATGCAGGGTGAAAACTGATACAGATGATGTCGTTGAGCTGGTGGAGAGGCCCGTGCCACT...
LOC131011818
ATGGCACTTAAACCCTATGCCAGACATCAACATTTAGTTCCCAGTGATGTTAAATCCGAGTTAAGACATGCTAGAGCGAGAGCAGGGAGCAAATACGATGGCATGAAGTTGTTAACACTCATGGAGCGAAAAGGTAGCATAGATGAGGTCTACAAGAACATGTTATTAAGCCTTCTAACTATGTACGACAAGCCTGATCCATGCAGGGTGAAAACTGATACAGATGATGTCGTTGAGCTGGTGGAGAGGCCCGTGCCACT...

Protein

12 records

下载 Protein FASTA
XP_057795653.1
MALKPYARHQHLVPSDVKSELRHARARAGSKYDGMKLLTLMERKGSIDEVYKNMLLSLLTMYDKPDPCRVKTDTDDVVELVERPVPLKNRKRKCSIIDQHDGRGRARTSENGKALLPLGNDRLHHLNNEENKQLIPFQTRAQPVKTYRGNIGGKLKGVVKEEYEANEKTEVKKENEKTYQGRGSRKNLGTRNYFLDVRQVRLGEKHAVRGQTQLTKAARGDSRLSTMKTAFSNCAVKKEPYHCVETRLPVKGVHSRTRNV...
XP_057795654.1
MALKPYARHQHLVPSDVKSELRHARARAGSKYDGMKLLTLMERKGSIDEVYKNMLLSLLTMYDKPDPCRVKTDTDDVVELVERPVPLKNRKRKCSIIDQHDGRGRARTSENGKALLPLGNDRLHHLNNEENKQLIPFQTRAQPVKTYRGNIGGKLKGVVKEEYEANEKTEVKKENEKTYQGRGSRKNLGTRNYFLDVRQVRLGEKHAVRGQTQLTKAARGDSRLSTMKTAFSNCAVKKEPYHCVETRLPVKGVHSRTRNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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