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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004804`

染色体: Chr01 坐标: 66241393-66244561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004804`
名称	SmilChr01G004804
描述	11S globulin subunit beta-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	66241393 - 66244561 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011819`
GeneID	`131011819`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011819`
原始查询	`LOC131011819`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	11S globulin subunit beta-like
产物	11S globulin subunit beta-like
Arabidopsis	`AT5G44120` (CRA1) RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435] identity=42.4; qcov=0.325; evalue=2.85e-40; confidence=low
Rice	`Os02g0456100` - identity=44.8; qcov=0.282; evalue=1.8e-40; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF00190 (Cupin_1); PF14223 (Retrotran_gag_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011819

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057795664.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057795664.1`
3	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	0.20000	`XP_057795664.1`
4	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057795664.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795664.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:66241634`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,B87,C36,C59
`Chr1:66241733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr1:66241736`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	A23,B106,B13,B31,B86,C32,C35,C68
`Chr1:66241919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A14,B129,B139,B50,C33
`Chr1:66241946`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr1:66242024`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B6,B66,C54,D8
`Chr1:66242073`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C3,C59
`Chr1:66242647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B45,B81,C1
`Chr1:66244163`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B136,B35
`Chr1:66244170`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr1:66244421`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B95,C14,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795664.1

609 aa

304

609

Cupin_1

Retrotran_gag_2

zf-CCHC

Cupin_1

PF00190 Cupin_1 40-196 aa PF14223 Retrotran_gag_2 268-415 aa PF00098 zf-CCHC 442-457 aa PF00190 Cupin_1 474-586 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795664.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	40	196	6.5e-56	188.8	Cupin
`XP_057795664.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	268	415	3.5e-31	109.0	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057795664.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	442	457	4.3e-05	24.1	Zinc knuckle
`XP_057795664.1`	Pfam	`PF00190`	Cupin_1	Domain	474	586	6.5e-56	188.8	Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939681.1
GAGACATAATTTGGGAAGCATGAATGAAGCCAGGTGCCCCCTGAGAAAATCATAGGTGGAAGGCATGGGAGGTAGGCAGCCATGCATGTTGCAGACTTCTCCCCTATAAATAATGACGCTTCCGCCTCGCCGCTTCACATCATCAAAATACAATACATTCCAGCATGGCGAAGCTCTCGCTCTCAGTTGTAAGCTTTCTTCTAGTGTTAGGATTGGGGTGCGCCACTCATGTTCGAGAGGGGTCGTGGCAGGTGGGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011819
ATGGCGAAGCTCTCGCTCTCAGTTGTAAGCTTTCTTCTAGTGTTAGGATTGGGGTGCGCCACTCATGTTCGAGAGGGGTCGTGGCAGGTGGGAGAGTGCCAGATCAGCAACATCGACGCCCGGGAGCCGTCCTACACCGTGAGATCGGAGGGCGGAGAGACCGAGTTCTGGGACAACCGGAACGATGAGTTCCGATGCGCCGGTGTGTCCATCCGCCGCCACAGAATCCAGCAGAGAGGCCTCCTGCTGCCGGTCTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795664.1
MAKLSLSVVSFLLVLGLGCATHVREGSWQVGECQISNIDAREPSYTVRSEGGETEFWDNRNDEFRCAGVSIRRHRIQQRGLLLPVYHNAPVLVYVVQGRGTYGVLNSGCPETFEAESAQQQYSRKERGERSSREDRHQKVEDVKQGDVIAVRAGEAHWVYNDGDQELVLVVFHHNANYANQLDQNPRSFFLAGNPNNEQEEEQVCSVVAALSDLPHQKGFLEKDPGGVSLARRLFILVEKRYVKSTSSPNEALKGSPGAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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