Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002807

染色体: Chr02 坐标: 48132758-48135941 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002807
名称SmilChr02G002807
描述uncharacterized SmilChr02G002807
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48132758 - 48135941 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011836
GeneID131011836
locus_tag-
NCBI NameLOC131011836
原始查询LOC131011836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述P0604E01.25; symbol=P0604E01.25; hit=Os08g0561000; species=rice; confidence=low
产物P0604E01.25; symbol=P0604E01.25; hit=Os08g0561000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=22.2; qcov=0.844; evalue=2.49e-07; confidence=weak
RiceOs08g0561000 (P0604E01.25)
-
identity=31.9; qcov=0.45; evalue=5.01e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057795695.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795695.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795695.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795695.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057795695.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48132895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr2:48132897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr2:48132906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr2:48132908 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B138,B18,B75,C35,C64
Chr2:48132923 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B123,B14,B64,B83,C29
Chr2:48132923 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B123,B14,B64,B83,C29
Chr2:48132947 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B73,C1,C74
Chr2:48132957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B53,C10
Chr2:48132971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B44,B94,C24,C31
Chr2:48132975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,C39,C83
Chr2:48132980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr2:48132989 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939712.1
GGAGCCACTGGGCGTCGAGGAGGGCGTTGCGGCGTGGAGCTCCTCGAGGACTCCTCGAGTTATCGAGTATGCTCGAAGGGCGGAGGAGATGGCGCGTGCAATGCACGCGCCCAATTTAAAAAAAAAAAGGAAAAATTCAAAAATTCGAATTTTATTCGAATTTTGACTGCAGCTCCTCGGTTTCCGCACCTTTGACCGACCGTTTTCATTTTTTTTTTTCCTTCTTCTCTTCTTTAAAACACCCCACCTTCTCCCCACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011836
ATGGATCCACACAACCCTTTCTACGATCCAAATTGGTGCCCCGATCTCTCCTCCGATTATCATCCTGATATGGGAGGAATCAACTTGGAGGAGAGCTCGCCCGAGGAGGAACCGGTCAGTGCTCAGCAGAGTGTCTCCCCACCAAAGAAAGGCGGCCGGAGGAAGGAAATGGCCACCAAAATCAAGCACGACAAGGCCGCTAGGTACCGTCATACGTATGCTCCCGAGCATACGGATCTCATCGTCCAAATTTGGGCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795695.1
MDPHNPFYDPNWCPDLSSDYHPDMGGINLEESSPEEEPVSAQQSVSPPKKGGRRKEMATKIKHDKAARYRHTYAPEHTDLIVQIWAEETNDSIRGTDQKGEAYWGRIRERVNPILGVDLKIKQLQGHWSRVSADVRLWEAVWVETHNNWPSGHSDDMIREKAQTLFKARSPHRASFNFWNAWRVLRNNPKFKSMYLLGDVHASKRTKTTEEGGFTTSASGEEISSARPIDNKAAKAAAKGKGKAAASHTSSDPPPEIVER...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器