当前解析结果
SmilChr02G002815| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002815 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002815 |
| 描述 | amino acid permease 3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 48217897 - 48222067 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011843 |
|---|---|
| GeneID | 131011843 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011843 |
| 原始查询 | LOC131011843 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | amino acid permease 3-like |
| 产物 | amino acid permease 3-like |
| Arabidopsis | AT1G77380 (AAP3)amino acid permease 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844074] identity=75.5; qcov=0.973; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0424000 (OsAAP11F)- identity=70.6; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005886 (plasma membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01490 (Aa_trans) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011843 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057795700.1 |
| 2 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057795700.1 |
| 3 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.20000 | XP_057795700.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057795700.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795700.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:48218166 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B59,C28,C53,D3 |
Chr2:48218367 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:48218678 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:48218796 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A5,B15,B4,C78 |
Chr2:48218916 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C85 |
Chr2:48219020 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr2:48219256 |
A |
ACT |
2bp_insertion | stop_gained,frameshift_variant | 4 | B42,C2,C35,C9 |
Chr2:48219256 |
A |
ACT |
2bp_insertion | CDS_variant | 4 | B42,C2,C35,C9 |
Chr2:48219258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr2:48219333 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,C72 |
Chr2:48219345 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B57,B94,C49,D5 |
Chr2:48219676 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B95,C14,C17,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795700.1PF01490
Aa_trans 36-474 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795700.1 |
Pfam | PF01490 |
Aa_trans | Domain | 36 | 474 | 7.6e-118 | 394.4 | Transmembrane amino acid transporter protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。