Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002819`

染色体: Chr02 坐标: 48288685-48289447 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002819`
名称	SmilChr02G002819
描述	uncharacterized SmilChr02G002819
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	48288685 - 48289447 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011848`
GeneID	`131011848`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011848`
原始查询	`LOC131011848`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844076]; symbol=AT1G77400; hit=AT1G77400; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844076]; symbol=AT1G77400; hit=AT1G77400; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G77400` (AT1G77400) extensin-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844076] identity=38; qcov=1.32; evalue=2.1e-25; confidence=medium
Rice	`Os03g0839800` (OSJNBa0042I09.2) - identity=66.7; qcov=0.151; evalue=1.41e-07; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF05097 (DUF688)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011848

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057795706.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057795706.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057795706.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795706.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795706.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:48288969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C74
`Chr2:48289005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,C74
`Chr2:48289110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B117,B24,B85,C51
`Chr2:48289154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:48289155`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:48289224`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795706.1

179 aa

179

DUF688

PF05097 DUF688 5-139 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795706.1`	Pfam	`PF05097`	DUF688	Family	5	139	2.8e-05	24.2	Protein of unknown function (DUF688)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939723.1
CTTCCACTCTCACTCTCTCAATAACCGAAAGTTTTTTTTGTTATACTCTCCAACATGAAAATAGATGATTCCTTCAAGAAGCCCGGATCCGTTCCATTCAAATGGGAGATCCGACCCGGAGTCCCCAAGCTCCAAGCACAATCGGGTCGTCGCCAGCTTGAATCCGGATCTGAAAAGCAGCATCAAAGGAAGCAAAAGCAGCACCCGTTACCAGAAACACCAAGAAAACTCAAACCGCCACCAGCCGGGTTATACCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011848
ATGAAAATAGATGATTCCTTCAAGAAGCCCGGATCCGTTCCATTCAAATGGGAGATCCGACCCGGAGTCCCCAAGCTCCAAGCACAATCGGGTCGTCGCCAGCTTGAATCCGGATCTGAAAAGCAGCATCAAAGGAAGCAAAAGCAGCACCCGTTACCAGAAACACCAAGAAAACTCAAACCGCCACCAGCCGGGTTATACCTCCAGCCTCCGATGGATCCCCAAACCCGCACCCGCTCACTCCGATCATCACCACATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795706.1
MKIDDSFKKPGSVPFKWEIRPGVPKLQAQSGRRQLESGSEKQHQRKQKQHPLPETPRKLKPPPAGLYLQPPMDPQTRTRSLRSSPHSLSDRFGHSGRARPDVVSSAGCFPSPLGKLKNVKGARNPRSISEPEYYSDLETSSRWSVSSRKSVSPLSPSIPSHRWSPRPVSNAEWAGFGLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器