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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002840

染色体: Chr02 坐标: 48515692-48521025 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002840
名称SmilChr02G002840
描述aldehyde dehydrogenase family 3 member H1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48515692 - 48521025 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011863
GeneID131011863
locus_tag-
NCBI NameLOC131011863
原始查询LOC131011863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aldehyde dehydrogenase family 3 member H1
产物aldehyde dehydrogenase family 3 member H1
ArabidopsisAT1G44170 (ALDH3H1)
aldehyde dehydrogenase 3H1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841020]
identity=68.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0186200 (OsALDH3H2)
-
identity=64; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004029 (aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006081 (aldehyde metabolic process)
KEGGsmil00010 (Glycolysis / Gluconeogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00053 (Ascorbate and aldarate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00071 (Fatty acid degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00280 (Valine, leucine and isoleucine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00330 (Arginine and proline metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00340 (Histidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00380 (Tryptophan metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00410 (beta-Alanine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00561 (Glycerolipid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00770 (Pantothenate and CoA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00171 (Aldedh)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057795729.1
2 Peroxisome 过氧化物酶体 0.40000 XP_057795729.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057795730.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057795731.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795729.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48516170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B90,B92
Chr2:48517353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B133
Chr2:48518373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr2:48518437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:48519059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B60
Chr2:48520584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795729.1
476 aa
N
1
238
476
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 5-432 aa
XP_057795730.1
416 aa
N
1
208
416
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 4-372 aa
XP_057795731.1
403 aa
N
1
202
403
Aldedh
C
PF00171 Aldedh 24-359 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795729.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 5 432 3.8e-83 280.3 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057795730.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 4 372 3.4e-77 260.7 Aldehyde dehydrogenase family
XP_057795731.1 Pfam PF00171 Aldedh Family 24 359 5.2e-76 256.8 Aldehyde dehydrogenase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939746.1
GTACTAGTGTACACATACATATACATATTCTTTGAATAGTAGAGTTGTGACCTTGCTCGTATTTTAATTACGATTTTATGACTTGATGGAGAGTCTTTGTAATTTGGAGGCTACTCACTATTCACATTATAGGAGACCGTGATGGTGAGAAATTCGTACATATTCCCAGGGTTAGTAAGCTAACGACCCTAGTATATAAACTCCGATTTAAAAAGTAATCAAATCCAAAGATCGCTATCGTACCAAACGTCGCACCCACC...
XM_057939748.1
CGCTATCGTACCAAACGTCGCACCCACCACACAAAGTCGAAACAGAAGAAGCGACGAACAAGACTGAAAAATATCAGCTGTGTATCCCTCGAATCCCGCCAAAAACCAGTATAAACCGCACGACAATATATTCTAACCACGCCTTGGGATTCGTGATTTGATCTCGAGTTTGGAGAAATATGGCTGTGTCTGTCGAGACGGCGGCGGAGGAGCTCAGAGACGTATACAGCTCCGGCAAGACGAGGTCGTACGAGTGGCGC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131011863
ATGGCTGTGTCTGTCGAGACGGCGGCGGAGGAGCTCAGAGACGTATACAGCTCCGGCAAGACGAGGTCGTACGAGTGGCGCGTTTCGCAGCTTAAAGCGCTGCTCAAAATCGCGACTCACCACGAGAAGGAAATCATCGAAGCTGTCAATTCGGACCTCGGCAAGCACGAGCATGAAGCTTTCCTTCATGAGATTGCTGCAGTAGTATCAGCATGCAAGATGGCGCTGAAGCAATTGCATCGATGGATGAAGCCTGAAAA...
LOC131011863
ATGCATTGGGAGATTGCTGCAGTAGTATCAGCATGCAAGATGGCGCTGAAGCAATTGCATCGATGGATGAAGCCTGAAAAAGTTAAAACTTCCATGACCACTTTTCCCTCATCAGCTGAATTAGTATCAGAACCCTATGGCGTCGTATTGGTTATATCAACATGGAACTATCCTATCTTGTTGTCACTTGAGCCAGTCATTGGAGCTATTTCAGCTGGTAATGCTGTAGTACTGAAGCCATCTGAAGTTGCCCCTGCAAC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057795729.1
MAVSVETAAEELRDVYSSGKTRSYEWRVSQLKALLKIATHHEKEIIEAVNSDLGKHEHEAFLHEIAAVVSACKMALKQLHRWMKPEKVKTSMTTFPSSAELVSEPYGVVLVISTWNYPILLSLEPVIGAISAGNAVVLKPSEVAPATSSVISKLLGQYMDVSAVKVIEGGIHETSALLEQKWDKIFYTGNSKVGRVILAAAAKHLTPVILELGGKCPVIVDSNINLTVAARRIISGKWGCNSGQTCVSPDYIITTKDYAS...
XP_057795730.1
MHWEIAAVVSACKMALKQLHRWMKPEKVKTSMTTFPSSAELVSEPYGVVLVISTWNYPILLSLEPVIGAISAGNAVVLKPSEVAPATSSVISKLLGQYMDVSAVKVIEGGIHETSALLEQKWDKIFYTGNSKVGRVILAAAAKHLTPVILELGGKCPVIVDSNINLTVAARRIISGKWGCNSGQTCVSPDYIITTKDYASKFVDALSSELEKFYGKDPVNSKDLSKIINSRHFERLTKLLDEEKVSSKIVIGGQRDKANL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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