Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002846

染色体: Chr02 坐标: 48622748-48628263 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002846
名称SmilChr02G002846
描述uncharacterized SmilChr02G002846
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48622748 - 48628263 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011870
GeneID131011870
locus_tag-
NCBI NameLOC131011870
原始查询LOC131011870

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DUF630 family protein, putative (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838778]; symbol=AT1G21740; hit=AT1G21740; species=arabidopsis; confidence=medium
产物DUF630 family protein, putative (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838778]; symbol=AT1G21740; hit=AT1G21740; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT1G21740 (AT1G21740)
DUF630 family protein, putative (DUF630 and DUF632) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838778]
identity=43; qcov=1.05; evalue=0; confidence=medium
RiceOs05g0425000
-
identity=41.5; qcov=0.453; evalue=4.56e-110; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04782 (DUF632); PF04783 (DUF630)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011870

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057795742.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795742.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795742.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795742.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057795742.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48623329 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,C8
Chr2:48623367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C7
Chr2:48623400 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C74
Chr2:48623595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr2:48623703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B31
Chr2:48623736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:48623777 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:48624020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr2:48624209 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C7
Chr2:48624349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:48624369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,C7
Chr2:48624645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,D10,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795742.1
1005 aa
N
1
502
1005
DUF630
DUF632
C
PF04783 DUF630 1-59 aa PF04782 DUF632 556-872 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795742.1 Pfam PF04783 DUF630 Family 1 59 1.4e-25 89.9 Protein of unknown function (DUF630)
XP_057795742.1 Pfam PF04782 DUF632 Family 556 872 3.4e-100 336.1 Protein of unknown function (DUF632)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939759.1
CAACAACATTTATTATATCAATGTTGGCATAAATATGTGTTCCCAGAATTTTCCCACGAAACAAAATCTACACTCCAAAATACAAAATCTACAAGTACTATTGTATGGCAAGTCCAATTTAAATCGACGGCGGAGATTGAATCTCTAAATCTGACGGTCAGAAAATATTGGTAAGCTTCCAAAAACCCCTTTCCCAAAATCTCTTACCAAAAAATTCGCTTGCAGCCGAATCCAATGTGAAATCTCATCACCGCATTAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011870
ATGGGCTGCAACGCGTCCAAGGAGGACGACCTGCCGCTAGTGGTCCGCTGCCGCGAGAGGCGGGAACTCGTGCGCGCCGCCGCCAACCACCGCTACGCGCTCGCCGCCGCCCACGTCTCCTACTTCCGCTCGCTCAAGGAGGTCGGCGACGCGCTCCGGAAGTTCGTCGACGAGGAGCTCGTCACCGCCGCCTCCTCCTCCGAATCCTCCTTCTCGTCGCCGTCGCTCACCCTGCCGCCGAGCTCGAAGAAGAATCGCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795742.1
MGCNASKEDDLPLVVRCRERRELVRAAANHRYALAAAHVSYFRSLKEVGDALRKFVDEELVTAASSSESSFSSPSLTLPPSSKKNRGNGGESPLHLHDGDSGEDNESHLHLSDSSSEEDDSEDHHHHQHSHGHGGFDGNDPHQHHHSNRSEEKARNLNLNNEDEYSSRFPHDAYSAYNNGFISDPFANPNPYPYPYQYPMPQREPYADPWDPQGVPPPAAVAQPWFFSGNPNVYYMKKSAPAAKTVVQDPPAEPAYGYSD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器