当前解析结果
SmilChr02G002857| 统一新 Gene ID | SmilChr02G002857 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G002857 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g21780-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 48768678 - 48772095 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131011881 |
|---|---|
| GeneID | 131011881 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011881 |
| 原始查询 | LOC131011881 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein At1g21780-like |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein At1g21780-like |
| Arabidopsis | AT1G21780 (AT1G21780)BTB/POZ domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838782] identity=69.8; qcov=1; evalue=1.84e-175; confidence=high |
| Rice | Os08g0103600- identity=65.5; qcov=0.877; evalue=1.4e-133; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00651 (BTB) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011881 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057795751.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057795751.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057795751.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057795751.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057795751.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:48768986 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr2:48769132 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr2:48769361 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr2:48770788 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr2:48770874 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:48771105 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | A16,A5,B132,B32,B51,C30,C78 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057795751.1PF00651
BTB 194-298 aa
XP_057795752.1PF00651
BTB 192-296 aa
XP_057795753.1PF00651
BTB 189-293 aa
XP_057795754.1PF00651
BTB 187-291 aa
XP_057795755.1PF00651
BTB 161-265 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057795751.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 194 | 298 | 2.7e-22 | 79.7 | BTB/POZ domain |
XP_057795752.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 192 | 296 | 2.7e-22 | 79.7 | BTB/POZ domain |
XP_057795753.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 189 | 293 | 2.6e-22 | 79.8 | BTB/POZ domain |
XP_057795754.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 187 | 291 | 2.6e-22 | 79.8 | BTB/POZ domain |
XP_057795755.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 161 | 265 | 2.1e-22 | 80.1 | BTB/POZ domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
5 records
下载 cDNA FASTA5 records
下载 CDS FASTA5 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。