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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002858

染色体: Chr02 坐标: 48771722-48772641 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002858
名称SmilChr02G002858
描述acetyltransferase At1g77540
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向48771722 - 48772641 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011884
GeneID131011884
locus_tag-
NCBI NameLOC131011884
原始查询LOC131011884

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acetyltransferase At1g77540
产物acetyltransferase At1g77540
ArabidopsisAT1G21770 (AT1G21770)
Acyl-CoA N-acyltransferases (NAT) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838781]
identity=60.4; qcov=1.04; evalue=1.41e-41; confidence=medium
RiceOs04g0431300
-
identity=58.3; qcov=0.706; evalue=5.79e-26; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF14542 (Acetyltransf_CG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057795757.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057795757.1
3 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057795757.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795757.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795757.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:48771953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:48772001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B115
Chr2:48772033 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 8 B117,B28,B71,B96,B97,C19,C37,C69
Chr2:48772062 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C38
Chr2:48772062 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 1 C38
Chr2:48772076 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C30
Chr2:48772103 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B23,B49,C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795757.1
102 aa
N
1
51
102
Acetyltransf_CG
C
PF14542 Acetyltransf_CG 18-91 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795757.1 Pfam PF14542 Acetyltransf_CG Domain 18 91 5.9e-22 78.3 GCN5-related N-acetyl-transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939774.1
GGGAGTATGAAGAATGAAAAAATGAACCTTTTTTTATAAAAAATAAGGAAAAAGAAACGAAAAATAAATTTACACCAGAAGAGAACACACTATAGAAGAAAGAAAGATTGAGGAAAACTAATAGTGTACTGAATTTGGGTAATCGCGGGGAGAGAGGATGGCGGAGGAGAAGAAGAAGATAGTCTGGAACGAGAGAGAGAAGAAATTCGAGACGGAAGATAAGAAAGCATACCTTGAATACGAGATGAGGGGCAGTAAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011884
ATGGCGGAGGAGAAGAAGAAGATAGTCTGGAACGAGAGAGAGAAGAAATTCGAGACGGAAGATAAGAAAGCATACCTTGAATACGAGATGAGGGGCAGTAAAGTAATGGACATAACTCATACGTATGTGCCGCCCAGCAAGAGGGGGCTAGGCCTCGCCGCCGATCTCTGCGCCGCCGCCTTTAATCACGCTCACAACCACTCCCTCTCCGTCATTCCAACTTGCTCCTATGTTTCGGATACGTTTCTTCCCCGAAACCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795757.1
MAEEKKKIVWNEREKKFETEDKKAYLEYEMRGSKVMDITHTYVPPSKRGLGLAADLCAAAFNHAHNHSLSVIPTCSYVSDTFLPRNPNWNSIVHKEESKSSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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