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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002876

染色体: Chr02 坐标: 49008841-49014202 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002876
名称SmilChr02G002876
描述chaperone protein dnaJ A7A, chloroplastic-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49008841 - 49014202 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011903
GeneID131011903
locus_tag-
NCBI NameLOC131011903
原始查询LOC131011903

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperone protein dnaJ A7A, chloroplastic-like
产物chaperone protein dnaJ A7A%2C chloroplastic-like
ArabidopsisAT2G22360 (AT2G22360)
DNAJ heat shock family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816768]
identity=70.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0333500 (OsDjA7)
-
identity=69.6; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009408 (response to heat); GO:0031072 (heat shock protein binding); GO:0042026 (protein refolding); GO:0051082 (GO:0051082); GO:0051085 (GO:0051085)
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF00684 (DnaJ_CXXCXGXG); PF01556 (DnaJ_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011903

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057795785.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057795785.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795785.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795785.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795785.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49009593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:49010375 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr2:49010881 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B74
Chr2:49013383 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr2:49013503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795785.1
438 aa
N
1
219
438
DnaJ
DnaJ_C
DnaJ_CXXCXGXG
C
PF00226 DnaJ 80-141 aa PF01556 DnaJ_C 197-412 aa PF00684 DnaJ_CXXCXGXG 222-285 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795785.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 80 141 1.6e-28 99.3 DnaJ domain
XP_057795785.1 Pfam PF01556 DnaJ_C Domain 197 412 2.4e-45 155.0 DnaJ C terminal domain
XP_057795785.1 Pfam PF00684 DnaJ_CXXCXGXG Domain 222 285 3.5e-15 56.7 DnaJ central domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939802.1
TGCTGGGAGTGCTCTAACCCTACCTATCGGCTATTCTCGAAGGCCCTAATTTCAGTTCACAGAATAAAACTACAGAATAGAAGAAGAACGACCCTATCTCCTAATTTCAGTTCACAGCCGCCACGCGCAGTCGCCGGCAGCCTTCGTCGCGCCTCCGCCCGACGCCAGCAGCTTCGCCTCGCTGCGCCTCCTTCCCACCGCGACGCGCATCCAGTCGTTTCGCGCCTCCGCGCGACCTCGCCGCTCCTCCGCCTTCGCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011903
ATGGCAGTCATTCCTTGTGGAAGTATGCAGATTGCGCCGTCGGGAGTTCAGCCCCAGTTCGTTTTCAGATCTTCTGCTGTGAATAGAGCGTTGGCGTCTACTCATTGTTTGTCCAAAAAGGTCGCATCGCTAAGTTCAACAATTTTCTCTCATAAACCCTTGGGTGAACTTTTCGGTTCGGCATCATATGTCAAACCATACCAGAGAGGTGCCCGCCTTGTTGTTCGAGCTGAACGAGATTACTATTCTATCCTTGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795785.1
MAVIPCGSMQIAPSGVQPQFVFRSSAVNRALASTHCLSKKVASLSSTIFSHKPLGELFGSASYVKPYQRGARLVVRAERDYYSILGVSKSANKSEIKSAYRKLARNYHPDVNKEPGAEEKFKEISNAYEVLSDDEKRSIYDKYGEAGLKGAGMGMGDFNNPFDIFESLFEGMGGMGGMGMGGRGSRSRATEGEDQVYNLILNFKDAVFGIEKEIEITRLESCSTCDGSGAKPGTSASKCTTCGGQGQVVASTRTPLGVFQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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