Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002882`

染色体: Chr02 坐标: 49094072-49096381 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002882`
名称	SmilChr02G002882
描述	uncharacterized SmilChr02G002882
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	49094072 - 49096381 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011908`
GeneID	`131011908`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011908`
原始查询	`LOC131011908`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844102]; symbol=AT1G77660; hit=AT1G77660; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844102]; symbol=AT1G77660; hit=AT1G77660; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G77660` (AT1G77660) Histone H3 K4-specific methyltransferase SET7/9 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844102] identity=58.5; qcov=0.998; evalue=2.24e-162; confidence=high
Rice	`Os09g0453900` (P0488D02.28-1) - identity=77.4; qcov=0.645; evalue=1.96e-150; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02493 (MORN)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057795790.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057795790.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057795790.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057795790.1`
5	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057795790.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:49094417`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,C83,D1
`Chr2:49094796`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr2:49095323`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B123,B49,B60,C38,C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795790.1

439 aa

220

439

MORN

PF02493 MORN 199-216 aa PF02493 MORN 222-244 aa PF02493 MORN 245-266 aa PF02493 MORN 268-289 aa PF02493 MORN 291-313 aa PF02493 MORN 314-335 aa PF02493 MORN 337-357 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	199	216	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	222	244	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	245	266	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	268	289	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	291	313	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	314	335	4.4e-34	115.0	MORN repeat
`XP_057795790.1`	Pfam	`PF02493`	MORN	Repeat	337	357	4.4e-34	115.0	MORN repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939807.1
ACTCTCTGAATAATTCCAAACCCCAAACAAAACTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAATTTTAAACCTGCGTACTTGCTCCACTGCTTTTTCCGCCTGCGCACCCACCGGAAATGAAACCGGCGTCGGAGCACATGATACGCCTATCGAGGTACAGACGGTGGCTGCAATAGTCGGACGGCGGAGAAATCGACGGCCGAGGATGAAATTGGAGACCGCCGATCAGAAAATGGACTGTCAGAAAAGCCAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011908
ATGAAATTGGAGACCGCCGATCAGAAAATGGACTGTCAGAAAAGCCAGGTGAAGCTCACTCGCACGAATTCCTCACTCCTCCGCTCATCCCCCACCATCCGCTCATCCATTCACAGTTTGTCTTCCGTGAGCGAGATCGCGCCCGATTCGGACACGGAGGACCTCGAGGAGCAGAAGCCCCATAGCAGACCGGCTCCCCCGCCGCTCCGCTCCGCTCCGTCTCGTGCGGCGCCGCTGGCCGCCGCCTTCCTCCTCCTGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795790.1
MKLETADQKMDCQKSQVKLTRTNSSLLRSSPTIRSSIHSLSSVSEIAPDSDTEDLEEQKPHSRPAPPPLRSAPSRAAPLAAAFLLLLYTLFAFFNRDDLATSENLLLALIFVAVLLFLFSRNKGLVIRNFSLLKQICDEYGKKLGFSCFASRAHSKPVQWFIGEAESEDLERSKECGKERRSRRIIREGVEFYSNGDFYEGEFHKGTCNGSGVYNYFVNGRYEGDWIDGKYDGYGIESWARGSRYRGQYRQGLRHGYGVY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器