Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002883`

染色体: Chr02 坐标: 49099623-49101819 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002883`
名称	SmilChr02G002883
描述	uncharacterized SmilChr02G002883
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	49099623 - 49101819 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011910`
GeneID	`131011910`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011910`
原始查询	`LOC131011910`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844103]; symbol=AT1G77670; hit=AT1G77670; species=arabidopsis; confidence=high
产物	Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844103]; symbol=AT1G77670; hit=AT1G77670; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G77670` (AT1G77670) Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844103] identity=82.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0453800` (OsIDI4) - identity=80.8; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0016212 (L-kynurenine:2-oxoglutarate transaminase activity); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGG	smil00270 (Cysteine and methionine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00155 (Aminotran_1_2); PF01041 (DegT_DnrJ_EryC1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011910

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795791.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795791.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057795791.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795791.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795791.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:49099886`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:49100023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:49100248`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B66
`Chr2:49100248`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B66
`Chr2:49100293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B63,B81,B9,C27
`Chr2:49100362`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,B97
`Chr2:49100507`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B64,B71,B82,C60
`Chr2:49100558`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30
`Chr2:49100660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr2:49100692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B66,C46,C50
`Chr2:49100747`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B83
`Chr2:49100860`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795791.1

400 aa

200

400

Aminotran_1_2

DegT_DnrJ_EryC1

PF00155 Aminotran_1_2 42-391 aa PF01041 DegT_DnrJ_EryC1 101-211 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795791.1`	Pfam	`PF00155`	Aminotran_1_2	Domain	42	391	6.7e-68	230.2	Aminotransferase class I and II
`XP_057795791.1`	Pfam	`PF01041`	DegT_DnrJ_EryC1	Domain	101	211	3.3e-06	27.3	DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939808.1
ATTATTTTCAATATACATACATATATCTATATACCTAAAATGGAGTACTAGTAATGTAACTGGACATAATCACGGCCACATTATACTTCCAAAACCTCCGATTCTCTGCGAAACCTTTAACAGTTAATACCCGCCCAAAATTTGTTATCGTTGCTCAAATTAATTGATCGTATTCTCAGCTTCGGGGTTTTCACCGATCATGGCTGAGAGCGAGTCAGCCCAAAACTCAGTTCCGCAAGCTCTCCAGGTTGCCAAGCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011910
ATGGCTGAGAGCGAGTCAGCCCAAAACTCAGTTCCGCAAGCTCTCCAGGTTGCCAAGCGCTTGGAGAAGTTCAAAACTACTATTTTCACACAAATGAGTAGCCTTGCTATCAAGCATGGTGCTATTAACCTAGGACAAGGGTTTCCCAACTTCGACGGCCCAGAGTTTGTCAAAGAAGCCGCCGTTCAGGCCATTAGAGACGGCAACAACCAGTATGCTCGCGGAATTGGGGTCCCTGATCTGAACGCAGCTGTGGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795791.1
MAESESAQNSVPQALQVAKRLEKFKTTIFTQMSSLAIKHGAINLGQGFPNFDGPEFVKEAAVQAIRDGNNQYARGIGVPDLNAAVAERFKKDTGLVVDPEKEVTITSGCTEAIAATMLGLINPGDEVILFAPFYDSYQATLSMAGAVTKSVTLRPPNFSAPIDELKSLVSRSTRAILLNTPHNPTGKMFTREELDAIASLCIEHDVLVFSDEVYDKLAFEMDHISIASLPGMYERTVTLNSLGKTFSLTGWKIGWAVAPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器