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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004936

染色体: Chr01 坐标: 67459992-67460870 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004936
名称SmilChr01G004936
描述formin-like protein 5
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向67459992 - 67460870 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011928
GeneID131011928
locus_tag-
NCBI NameLOC131011928
原始查询LOC131011928

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 5
产物formin-like protein 5
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0009834 (plant-type secondary cell wall biogenesis)
KEGG-
PfamPF29364 (TED6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011928

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057795815.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057795815.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795815.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795815.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795815.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:67460058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C59
Chr1:67460070 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:67460220 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr1:67460407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C27
Chr1:67460448 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B121
Chr1:67460448 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B121
Chr1:67460568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B77,C26,C57,C8
Chr1:67460574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A21,B104,C38,C74
Chr1:67460579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:67460679 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr1:67460728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795815.1
292 aa
N
1
146
292
TED6
C
PF29364 TED6 219-250 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795815.1 Pfam PF29364 TED6 Domain 219 250 3.5e-10 40.3 TED6

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939832.1
ATGCCTTCCGCTAGAAGCATCAAGCTAGCAAATTACTCCTACTCTTCTCCACCACCACCCTCCACTCCTCCTCCACCCCCTCCTTGCCCTCCCCCGCCGCCCCCTCCATGCAGCCCTCCTCCTCCCCCACCTAGTCCACCCCCACCCCCACCACCTTCGCCGCCACCTCCTCCCCCACCCTGCTATCACAAGAAACACTGCGGCGGCGGCGGCGGCCACCACCACCACCCACCCGCCTCCCCACCAACCGCGCCGCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011928
ATGCCTTCCGCTAGAAGCATCAAGCTAGCAAATTACTCCTACTCTTCTCCACCACCACCCTCCACTCCTCCTCCACCCCCTCCTTGCCCTCCCCCGCCGCCCCCTCCATGCAGCCCTCCTCCTCCCCCACCTAGTCCACCCCCACCCCCACCACCTTCGCCGCCACCTCCTCCCCCACCCTGCTATCACAAGAAACACTGCGGCGGCGGCGGCGGCCACCACCACCACCCACCCGCCTCCCCACCAACCGCGCCGCCACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795815.1
MPSARSIKLANYSYSSPPPPSTPPPPPPCPPPPPPPCSPPPPPPSPPPPPPPSPPPPPPPCYHKKHCGGGGGHHHHPPASPPTAPPQSPPYPPKTPPGGPAAPPKPTYPPKTPPGGPAAPPKPTHPPKTPPGGPASPPEKPPTPVYPPGKPPKPSRPAHPPVKPGTPAYPPYYAPPPGSPEYPPYAPQYPPIAPNTPSIPGVPTVVTPPGGGGGGNNHTTIIAVCVSLGGVFFLAFLAVGLFCLAKKKKKPVMIPAAAPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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