Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002907

染色体: Chr02 坐标: 49381073-49385561 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002907
名称SmilChr02G002907
描述O-fucosyltransferase 10-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49381073 - 49385561 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011932
GeneID131011932
locus_tag-
NCBI NameLOC131011932
原始查询LOC131011932

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述O-fucosyltransferase 10-like
产物O-fucosyltransferase 10-like
ArabidopsisAT1G38131 (AT1G38131)
O-fucosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840652]
identity=58.5; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0174100
-
identity=52.7; qcov=0.859; evalue=7.57e-170; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF10250 (O-FucT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057795816.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057795816.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795816.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795816.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795816.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49383059 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr2:49383074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr2:49383836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr2:49383890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr2:49384126 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C50
Chr2:49384126 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C50
Chr2:49384734 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:49385043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B36,C53
Chr2:49385065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B94,C32,C68,C85,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795816.1
552 aa
N
1
276
552
O-FucT
C
PF10250 O-FucT 138-467 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795816.1 Pfam PF10250 O-FucT Family 138 467 1.3e-97 328.3 GDP-fucose protein O-fucosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939833.1
GAAAATGATTTGAAAAGAATGAAAAACATGAGACGCTCCACCCCCATAAATAGGCAATTCGTATCAACCCATGATGAACAGCAAACCATAAAAAATTCTAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGATCCAGCAGAACACACCACATTGCATGGCGTTAACGTACACCACGGAATCCGCCGCCACTACCACCGCCGCCAGCAGATGCCGGCGGAGGCTCCACCTCAACTGCAAGCACCGACACCGGGGGGTCGTCTGCTTCTTCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011932
ATGGCGTTAACGTACACCACGGAATCCGCCGCCACTACCACCGCCGCCAGCAGATGCCGGCGGAGGCTCCACCTCAACTGCAAGCACCGACACCGGGGGGTCGTCTGCTTCTTCTACGCCGGAATATTCCACAAAAGATACCTCCTTTTCCTTACGCTTCTCTACATTATGGGGCTGATCACCTGCGCCGGTCCCCTGCTGAGCATCCTGCACCCTCCGCCGCCGCCGCCGCCGGGATCACTCTACCGCAGCCAGGAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795816.1
MALTYTTESAATTTAASRCRRRLHLNCKHRHRGVVCFFYAGIFHKRYLLFLTLLYIMGLITCAGPLLSILHPPPPPPPGSLYRSQELFLKLWPEIQSDNSSAVELDNLWRYRRKLKEQRLCQNANAHHQPVSPRLQRYLVIEANGGLNQQRSSICNAVAVAGLLNATLVIPYFDVHNVWKDPSKFADIYDEDHFISSLKDYVMVVRELPGELMESYNFSISAIPSIRVPAWASARYYMDEVYHILQETRVVRISPFANRL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器