Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002916

染色体: Chr02 坐标: 49465624-49468255 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002916
名称SmilChr02G002916
描述cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49465624 - 49468255 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011939
GeneID131011939
locus_tag-
NCBI NameLOC131011939
原始查询LOC131011939

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein
产物cytochrome c-type biogenesis CcmH-like mitochondrial protein
ArabidopsisAT1G15220 (CCMH)
cytochrome c biosis protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838089]
identity=63.5; qcov=1.05; evalue=1.24e-67; confidence=high
RiceOs02g0275100 (CCMH)
-
identity=69.6; qcov=0.974; evalue=1.33e-78; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF03918 (CcmH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011939

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.80000 XP_057795826.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.60000 XP_057795826.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057795826.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057795826.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057795826.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49467715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,A25,C18,D10
Chr2:49467731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B2,B38,C14
Chr2:49467838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C29,C56
Chr2:49467948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,B99
Chr2:49467983 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B131
Chr2:49468007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:49468022 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:49468061 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C68
Chr2:49468061 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795826.1
152 aa
N
1
76
152
CcmH
C
PF03918 CcmH 3-114 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795826.1 Pfam PF03918 CcmH Family 3 114 1.1e-29 103.2 Cytochrome C biogenesis protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939843.1
AAAATGAGCCCAAAATAAACTCCACCCAATTTCCCTCATCTTCTTCACAGCCAAAACCCCTTTCTCTCTCTCACGCTCAAACTCCATAAACCATCTTTCCCATTTTCCTTTTCCACGCCGCCTGCCGCCTCCCACGAATCTGGCGGCGCGTCTCCGGCGATCACCACCGCCGCCCTCATCTCTCTCTATCCTTCTCCTTCGCCCGCCCCTCTCTCTGTGTCTCCTTTCTCCGCCGCACTGCACAGACAGCACCGGTGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011939
ATGGAGAATGAGGATGAAGTGAGAAAGGATCGTGTGGTCGAAGCACGAGCCAGAAATATAAGCCACAATGTGCGGTGCACTGAATGTGGTAGTCAATCTATTGAAGACTCACAAGCTGACATTGCCATTCTCCTCCGCAAGTTAATACGAGATGAAATTCGGTCCGGTAAAAACGACAAAGAGATCTACAAGAAGCTGGAGGAAGATTTTGGTGAGACGGTGCTTTATACACCAAAATTTGATATACAAACAGCAGCTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795826.1
MENEDEVRKDRVVEARARNISHNVRCTECGSQSIEDSQADIAILLRKLIRDEIRSGKNDKEIYKKLEEDFGETVLYTPKFDIQTAAIWLAPLTLTGGAVAIWAFNRYRRKNNVHIMALDLVRGVPLTLKERETMLELLTPPSTRWWGKWLPR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器