Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002928`

染色体: Chr02 坐标: 49676011-49676834 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002928`
名称	SmilChr02G002928
描述	uncharacterized SmilChr02G002928
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	49676011 - 49676834 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011950`
GeneID	`131011950`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011950`
原始查询	`LOC131011950`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011950

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795832.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057795832.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795832.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057795832.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057795832.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:49676206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr2:49676224`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C28
`Chr2:49676250`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B121
`Chr2:49676250`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B121
`Chr2:49676292`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr2:49676293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B45,C2,C32,C54,C60
`Chr2:49676294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr2:49676305`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,B62
`Chr2:49676388`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B18,B47,B85,C17,C2
`Chr2:49676428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C48,C61,C64,C66
`Chr2:49676429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	45	A13,A19,A2,A22,B102,B109,B111,B121,B127,B128,B129,B131,B137,B15,B18,B28,B31,B4,B42,B53,B6,B66,B73,B74,B86,B90,B94,B95,C11,C17,C22,C23,C33,C35,C40,C45,C49,C50,C65,C67,C69,C75,C76,C84,D8
`Chr2:49676455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939849.1
GAGATCTCAGATTTCCACTTCTAGTTTTGAGCAACAAAAAAGGTAATTTTATTGGCTATATATTTGAGCCTCATTTGGGCAGAACTCATTTCTCCCAAAAAAATGAAACCAAATGCCATATCCCAAAGTGATGTTCATTACTACCCGCCATGGTCGCGCCCAACTGAGCTTCTTGTATTACTAAAGCTGGATCGTGCAAGAATAGATGGGAAATGGAACCCCGGCGATCATGAAGGCAATATCGCTGCCATTGACAGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011950
ATGAAACCAAATGCCATATCCCAAAGTGATGTTCATTACTACCCGCCATGGTCGCGCCCAACTGAGCTTCTTGTATTACTAAAGCTGGATCGTGCAAGAATAGATGGGAAATGGAACCCCGGCGATCATGAAGGCAATATCGCTGCCATTGACAGTGTTTGCGATGAGTTAACCGGTCATCCTTACTTATTGCATATTCCAAAGCACAAGTATCATGAGAAAGTTATGGAGTGGTGGTTCCGATATGTTCGATTCAATGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795832.1
MKPNAISQSDVHYYPPWSRPTELLVLLKLDRARIDGKWNPGDHEGNIAAIDSVCDELTGHPYLLHIPKHKYHEKVMEWWFRYVRFNALLKDDRTWYCEESKRVFCTDISWSQIEIENPSALCYMEEGEANWDILKRLFYEPEVYSCSDEDDW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器