Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G002937

染色体: Chr02 坐标: 49879390-49884337 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G002937
名称SmilChr02G002937
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHR1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向49879390 - 49884337 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011957
GeneID131011957
locus_tag-
NCBI NameLOC131011957
原始查询LOC131011957

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone-lysine N-methyltransferase ASHR1
产物histone-lysine N-methyltransferase ASHR1
ArabidopsisAT2G17900 (SDG37)
SET domain group 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816300]
identity=59.5; qcov=0.974; evalue=4.9e-180; confidence=high
RiceOs03g0704200 (OsSET17)
-
identity=46; qcov=0.176; evalue=1.84e-14; confidence=weak
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0034968 (GO:0034968)
KEGGsmil00310 (Lysine degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00856 (SET); PF01753 (zf-MYND)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011957

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057795840.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057795840.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057795840.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795840.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795840.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:49880090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C32
Chr2:49880942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr2:49880957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:49881483 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B6,C63
Chr2:49881640 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B44
Chr2:49881680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr2:49882204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr2:49882292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:49883984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127
Chr2:49884023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B11,B117,B24,C44,C55
Chr2:49884027 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B103,B129,B21,B37,B65
Chr2:49884064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795840.1
487 aa
N
1
244
487
SET
zf-MYND
C
PF00856 SET 22-251 aa PF01753 zf-MYND 58-95 aa
XP_057795841.1
486 aa
N
1
243
486
SET
zf-MYND
C
PF00856 SET 22-251 aa PF01753 zf-MYND 58-95 aa
XP_057795842.1
422 aa
N
1
211
422
SET
C
PF00856 SET 70-186 aa
XP_057795843.1
421 aa
N
1
210
421
SET
C
PF00856 SET 69-185 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057795840.1 Pfam PF00856 SET Family 22 251 1.4e-11 45.5 SET domain
XP_057795840.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 58 95 9.4e-10 39.1 MYND finger
XP_057795841.1 Pfam PF00856 SET Family 22 251 1.4e-11 45.5 SET domain
XP_057795841.1 Pfam PF01753 zf-MYND Domain 58 95 9.3e-10 39.1 MYND finger
XP_057795842.1 Pfam PF00856 SET Family 70 186 3.6e-08 34.5 SET domain
XP_057795843.1 Pfam PF00856 SET Family 69 185 3.6e-08 34.5 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939859.1
GTTGAGTTTCCTTCTTTGCAACTACACACAGTAGCGAATTCTAGCTCTGCGTTAATGGAAGAACTACAGAAGGCATTAAACGGAAAAAGTTTATCAATTTCGACGCTTCCAGAAAAGGGCCGCTGCCTCTTAGCCGCGCGTGATTTCTCCCCAGGGGAAGTGATATTAAGTGAGAATCCATATGTTTCTGTGCCGAACAAGAACAAAGAATCGCCTCTGTGTAAGTGTGAATGGTGCTTCTCATCAACCAACCTGAAGAA...
XM_057939860.1
GTTGAGTTTCCTTCTTTGCAACTACACACAGTAGCGAATTCTAGCTCTGCGTTAATGGAAGAACTACAGAAGGCATTAAACGGAAAAAGTTTATCAATTTCGACGCTTCCAGAAAAGGGCCGCTGCCTCTTAGCCGCGCGTGATTTCTCCCCAGGGGAAGTGATATTAAGTGAGAATCCATATGTTTCTGTGCCGAACAAGAACAAAGAATCGCCTCTGTGTAAGTGTGAATGGTGCTTCTCATCAACCAACCTGAAGAA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011957
ATGGAAGAACTACAGAAGGCATTAAACGGAAAAAGTTTATCAATTTCGACGCTTCCAGAAAAGGGCCGCTGCCTCTTAGCCGCGCGTGATTTCTCCCCAGGGGAAGTGATATTAAGTGAGAATCCATATGTTTCTGTGCCGAACAAGAACAAAGAATCGCCTCTGTGTAAGTGTGAATGGTGCTTCTCATCAACCAACCTGAAGAAATGCTCTGCTTGCCATGTTGTTTGGTATTGCAGCAGCAAATGTCAGAGGTCAGA...
LOC131011957
ATGGAAGAACTACAGAAGGCATTAAACGGAAAAAGTTTATCAATTTCGACGCTTCCAGAAAAGGGCCGCTGCCTCTTAGCCGCGCGTGATTTCTCCCCAGGGGAAGTGATATTAAGTGAGAATCCATATGTTTCTGTGCCGAACAAGAACAAAGAATCGCCTCTGTGTAAGTGTGAATGGTGCTTCTCATCAACCAACCTGAAGAAATGCTCTGCTTGCCATGTTGTTTGGTATTGCAGCAGCAAATGTCAGAGGTCAGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057795840.1
MEELQKALNGKSLSISTLPEKGRCLLAARDFSPGEVILSENPYVSVPNKNKESPLCKCEWCFSSTNLKKCSACHVVWYCSSKCQRSDWKLHSEECRVLSKVDKQRVSSLTPSLRLMVKLCIRRKLEIEKVILTSTTESYKYVEALVSHMSDIDEKQLLLYAQMANLVNLILQWPDSQINVKEIAENFSKLACNAHTICDGELRPLGTGLYPVISIINHSCLPNSVLVFEGRLAVVRAMQHILKGTEVLISYVDIAGSTLT...
XP_057795841.1
MEELQKALNGKSLSISTLPEKGRCLLAARDFSPGEVILSENPYVSVPNKNKESPLCKCEWCFSSTNLKKCSACHVVWYCSSKCQRSDWKLHSEECRVLSKVDKQRVSSLTPSLRLMVKLCIRRKLEIEKVILTSTTESYKYVEALVSHMSDIDEKQLLLYAQMANLVNLILQWPDSQINVKEIAENFSKLACNAHTICDGELRPLGTGLYPVISIINHSCLPNSVLVFEGRLAVVRAMQHILKGTEVLISYVDIAGSTLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器