Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002939`

染色体: Chr02 坐标: 49889899-49891399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002939`
名称	SmilChr02G002939
描述	multifunctional methyltransferase subunit TRM112 homolog A-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	49889899 - 49891399 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011959`
GeneID	`131011959`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011959`
原始查询	`LOC131011959`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	multifunctional methyltransferase subunit TRM112 homolog A-like
产物	multifunctional methyltransferase subunit TRM112 homolog A-like
Arabidopsis	`AT1G78190` (AT1G78190) Trm112p-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844155] identity=72.6; qcov=1.02; evalue=1.1e-61; confidence=high
Rice	`Os07g0623000` (P0524E08.108) - identity=52.7; qcov=1.07; evalue=1.65e-45; confidence=medium
GO	GO:0018364 (peptidyl-glutamine methylation); GO:0030488 (tRNA methylation); GO:0046982 (protein heterodimerization activity); GO:0070476 (rRNA (guanine-N7)-methylation)
KEGG	-
Pfam	PF03966 (Trm112p)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057795846.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057795846.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057795846.1`
4	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057795846.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057795846.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:49890837`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B61,B99,C5,C71
`Chr2:49890859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:49890883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr2:49890982`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795846.1

122 aa

122

Trm112p

PF03966 Trm112p 3-111 aa

XP_057795847.1

122 aa

122

Trm112p

PF03966 Trm112p 3-111 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795846.1`	Pfam	`PF03966`	Trm112p	Domain	3	111	1.2e-09	38.7	Trm112p-like protein
`XP_057795847.1`	Pfam	`PF03966`	Trm112p	Domain	3	111	1.2e-09	38.7	Trm112p-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939863.1
TAAACATAAAACTAAAGGCCCAATTAGTCATCAAACATATTCAAAGGGCTCTCTACTTTTCTTCGTCTTCGCCAGTTACGAACAGAGACGCCGTTTTCAGGCATTTGGAGGTCACTGCGTGCTACAATACGCCGGGTATTCTTGAGTGAGTGAAGCCCCAAAAACAGCAGGGGAGACCAAGAATGAGACTCTTAACTCATAATATGTTATCATCAAACATCAAAGGTGTTACCAATGGATTCCCGCTTCGGATTGAGGTG...

XM_057939864.1
ATTAGTCATCAAACATATTCAAAGGGCTCTCTACTTTTCTTCGTCTTCGCCAGTTACGAACAGAGACGCCGTTTTCAGGCATTTGGAGGTCACTGCGTGCTACAATACGCCGGAATTTGTAGAAGTGATAGTTGAAGTTTGATATTAGGTATTCTTGAGTGAGTGAAGCCCCAAAAACAGCAGGGGAGACCAAGAATGAGACTCTTAACTCATAATATGTTATCATCAAACATCAAAGGTGTTACCAATGGATTCCCGCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131011959
ATGAGACTCTTAACTCATAATATGTTATCATCAAACATCAAAGGTGTTACCAATGGATTCCCGCTTCGGATTGAGGTGGAGAAAATGGTGGAGAAGGAGGTGGAGTTGAACGCGGACTTCCTCCGGAACATGTTTGCCAAGGTTGAGTGGAAGGCACTCGTGGAGGCCTCAAAAACCTTGGGGTATACTGAGCTACCCGACAATGCTGAACCCTCCATGCTCGACTCTGATGAGTTCCTGCACAGGTTCCACCACGCCCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057795846.1
MRLLTHNMLSSNIKGVTNGFPLRIEVEKMVEKEVELNADFLRNMFAKVEWKALVEASKTLGYTELPDNAEPSMLDSDEFLHRFHHALLELHLEEGALVCPETGRKFPVNKGIPNMLLHEDEV

XP_057795847.1
MRLLTHNMLSSNIKGVTNGFPLRIEVEKMVEKEVELNADFLRNMFAKVEWKALVEASKTLGYTELPDNAEPSMLDSDEFLHRFHHALLELHLEEGALVCPETGRKFPVNKGIPNMLLHEDEV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器