Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G002940`

染色体: Chr02 坐标: 49900759-49908125 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G002940`
名称	SmilChr02G002940
描述	synaptonemal complex protein 1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	49900759 - 49908125 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011960`
GeneID	`131011960`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011960`
原始查询	`LOC131011960`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	synaptonemal complex protein 1-like
产物	synaptonemal complex protein 1-like
Arabidopsis	`AT1G22260` (ZYP1a) Myosin heavy chain-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838831] identity=47.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0452500` (OsZEP1) - identity=44.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0007131 (reciprocal meiotic recombination)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057795848.1`
2	Spindle	Spindle	0.80000	`XP_057795848.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.60000	`XP_057795848.1`
4	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057795848.1`
5	Nuclear pore complex	核孔复合体	0.40000	`XP_057795848.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:49901149`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,D1
`Chr2:49901216`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B124
`Chr2:49901216`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B124
`Chr2:49901218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:49901253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B105
`Chr2:49901259`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr2:49902182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr2:49902358`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr2:49903277`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr2:49903438`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B104,D1
`Chr2:49903716`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,D1
`Chr2:49904011`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009097152.1
AACGGCATGGGTTACTATAAATACCAGTTGTTTGGCGCCAAATTAATTTCGATCGCTTCTCATCACTGCTCCTGCAAAAAATCCTCTCGGCGAGTACGCTCTTCGGATTGGATTGCTAGAGTTTCTGTTCACAACAGAGGTTTGAGATCGAACTGGCGCTTGTGCTGCGGAATTCGTTGGTAACTTCGCAATGAGTAGACTTCTAGGATTGTCAGGCATAAGAAGCCTGGAACAGTTCAAATCTTTGTCTGGATCTAGTT...

XM_057939865.1
AACGGCATGGGTTACTATAAATACCAGTTGTTTGGCGCCAAATTAATTTCGATCGCTTCTCATCACTGCTCCTGCAAAAAATCCTCTCGGCGAGTACGCTCTTCGGATTGGATTGCTAGAGTTTCTGTTCACAACAGAGGTTTGAGATCGAACTGGCGCTTGTGCTGCGGAATTCGTTGGTAACTTCGCAATGAGTAGACTTCTAGGATTGTCAGGCATAAGAAGCCTGGAACAGTTCAAATCTTTGTCTGGATCTAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011960
ATGAGTAGACTTCTAGGATTGTCAGGCATAAGAAGCCTGGAACAGTTCAAATCTTTGTCTGGATCTAGTTCCGGTGCTGCGAACAGGAAGATTATCTCAAATGCTTCGCTTGCAACTCCAGAGTCGGCTTCTTCGGGTAGTTTCGCCAATCTGAAGCTCACAGCAGAAAAATTGGTCAGGGAGCAAGCTTCTGCGAGAACTGACCTCGAATTGGCGAATTCTAAGCTCAAGAAACTGACAGAGCAAATGTCTGTACTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795848.1
MSRLLGLSGIRSLEQFKSLSGSSSGAANRKIISNASLATPESASSGSFANLKLTAEKLVREQASARTDLELANSKLKKLTEQMSVLEEKLQIAYNENVKLKVKQKEDEKLWKGLESKISSTKTLCDQLTVTLQQLNVQVQQAEKDKAYFEDKLSATSVTLSDLHENMKSMSLKLDSSEQTIRTREKELMELGLEKGNLETAFRNEQNKANCLIEEKDCVLKRLEEDGAAHRIALENLTTTMEKLQLELRVKEDDVLELSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器